Skip to content
nf-core CI

Fixed conflicts and updated modulels for nf-core/tools version 2.11.1 #1266

Sign in to view logs

Fixed conflicts and updated modulels for nf-core/tools version 2.11.1

Fixed conflicts and updated modulels for nf-core/tools version 2.11.1 #1266

Run time

Learn about OS pricing on GitHub Actions
Job Run time
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Run pipeline with test data (23.04.0)
20m 48s
Test Nanopore workflow (--gff false)
3m 9s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Test Nanopore workflow (--gff false)
19m 27s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Run pipeline with test data (latest-everything)
21m 20s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test workflow parameters (--consensus_caller ivar)
19m 59s
Test Nanopore workflow (--input false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--input false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--input false)
1s
Test Nanopore workflow (--input false)
1s
Test Nanopore workflow (--input false)
1s
Test Nanopore workflow (--input false)
21m 32s
Test Nanopore workflow (--input false)
21m 32s
Test Nanopore workflow (--input false)
21m 32s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test workflow parameters (--variant_caller bcftools --consensus_caller ivar)
19m 22s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test Nanopore workflow (--min_barcode_reads 10000)
1m 58s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test SISPA workflow (--gff false)
12m 37s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test workflow parameters (--skip_fastp --skip_pangolin)
21m 0s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 46s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 46s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 46s
Test Nanopore workflow (--min_guppyplex_reads 10000)
3m 46s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test SISPA workflow (--genome 'NC_045512.2')
13m 47s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test workflow parameters (--skip_variants)
7m 15s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
3m 10s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
1s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false)
1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test workflow parameters (--skip_cutadapt --skip_snpeff)
19m 1s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 52s
Test Nanopore workflow (--artic_minion_caller medaka --sequencing_summary false --fast5_dir false...
2m 42s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_kraken2)
21m 37s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--skip_assembly)
16m 8s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode corona)
20m 19s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--spades_mode metaviral)
21m 36s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
Test workflow parameters (--skip_plasmidid false --skip_asciigenome)
22m 32s
1d 15h 14m 21s