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README.md

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 # Metabobank tools
 
+## mb-validate
+
+IDF/SDRF/データファイルをチェック。[ルール](https://www.ddbj.nig.ac.jp/metabobank/validation-e.html)   
+
+```
+singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i IDF [-s SDRF] [-t BioSample tsv] [-o output directory of corrected file] [-a] [-m md5 checksum file] [-d]
+```
+
+* -i: IDF を指定（必須）
+* -s: SDRF を指定。無い場合は IDF のパスから導出。例 study/MTBKS1/MTBKS1.idf.txt → study/MTBKS1/MTBKS1.sdrf.txt（任意）
+* -t: BioSample tsv を指定。ある場合は BioSample との整合性チェックを実施（任意）
+* -o: auto-correct された IDF/SDRF ファイルの出力ディレクトリ。デフォルトは IDF と同じ場所に MTBKS1.corrected.idf.txt のように生成（任意）
+* -a: auto-correct を実施。デフォルトは未実施（任意）
+* -m: md5 値を md5sum コマンドの出力ファイルとして指定。指定した場合、SDRF 中の md5 値は無視される（任意）
+* -d: データファイル (raw, processed, maf) のチェックを実施
+
+使い方の例
+
+* auto-correct 無し
+* データファイルチェック有り
+
+```
+singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i study/MTBKS302/MTBKS302.idf.txt -d
+```
+
+加えて md5 値を MTBKS302.md ファイルとして指定。
+
+```
+singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i study/MTBKS302/MTBKS302.idf.txt -d -m MTBKS302.md
+```
+
+* auto-correct 有り
+* データファイルチェック無し
+```
+singularity exec mb-tools.simg mb-validate -i study/MTBKS302/MTBKS302.idf.txt -a
+```
+
 ## mbexcel2idfsdrf.rb
 
 MetaboBank metadata excel から IDF/SDRF tsv ファイルを生成