vg call output: some negative qualities and overlapping structural variants

[MarionPerrier]

Dear developers,

I have two questions about vg call's results:

First issue:
I am working with fungal genomes and wanted to use vg call to genotype some samples on a .gbz graph I built with MC. Everything ran as it should; however, I sometimes got negative quality values, some even labelled "PASS" in the filter field.
I am running VG on version 1.60.0.

Here is an example of this (I filtered to keep only negative values):

subset_300_pgVC_negQual.vcf.gz

Here are my commands to get the result:

#vg pack
singularity run docker://quay.io/vgteam/vg:v1.60.0 vg pack \
    -x $FULL_REF/20241017_26pg.pg.full.gbz \
    -g $FOLDER/03_align/$SAMPLE\_pg_full_20241021.gam \
    -o $FOLDER/07_vgCall/00_pack/$SAMPLE.pack \
    -Q 5

#vg snarl
singularity run --bind docker://quay.io/vgteam/vg:v1.60.0 vg snarls \
    $FULL_REF/20241017_26pg.pg.full.gbz > $FULL_REF/20241017_26pg.pg.full.snarls

#vg call
singularity run --bind docker://quay.io/vgteam/vg:v1.60.0 vg call \
    $FULL_REF/20241017_26pg.pg.full.gbz \
    -d 1 \
    -a \
    -r $FULL_REF/20241017_26pg.pg.full.snarls \
    -k $FOLDER/07_vgCall/00_pack/$SAMPLE.pack \
    -s $SAMPLE \
    -z > $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/$SAMPLE.vcf

#combine output with bcftools
bgzip -c $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/$SAMPLE.vcf > $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/$SAMPLE.vcf.gz
tabix -f -p vcf $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/$SAMPLE.vcf.gz
ls $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/*.vcf | xargs -n1 -P0 bgzip
ls $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/*.vcf.gz | xargs -n1 -P0 tabix -f -p vcf
cat $FOLDER/07_vgCall/01_genotypes/*vcf.gz > to_merge.tsv
bcftools merge --file-list to_merge.tsv -o $FOLDER/07_vgCall/02_merge/300_pgVC.vcf.gz 

#filter to keep only QUAL < 0
bcftools filter -i 'QUAL < 0' -o $FOLDER/07_vgCall/02_merge/300_pgVC_NegQual.vcf.gz $FOLDER/07_vgCall/02_merge/300_pgVC.vcf.gz

#subset to only the 4 first samples: 
bcftools view -s Sample1,Sample2,Sample3,Sample4 -o $FOLDER/07_vgCall/02_merge/subset_NegQual.vcf.gz -O z $FOLDER/07_vgCall/02_merge/300_pgVC_NegQual.vcf.gz

Second issue:
Unrelated to the quality, I have overlapping structural variants on my result files that give me a hard time interpreting. This is an example:

Chr1    421616  >4018>4049      AACTAGATCTAACTTTGGACTGAGCAGCAGTTTGAACTTTGTCGGAGAATGCGGGGCCAAAAAGTGAAGTCGTTATGTCCCGCAATTCTTCCGATATCAGCGAGAATATTGCGTTGCTTCAGAGAACAAGCCATGTAACAATAAAAAAGTAAATACAAGTACTCTAACAGACCCTGTCCGCGTCACAGAAGATAGCCTGCATCGAAACCATGTGGAAGATATTCCTGAACATCCTCGCCCTAGCAGGCGTCTGTCACTCCATAGTGAGCGACATCCCTAGCGTCTACGGCCCCATTCCTCATGTCGGCGACTTCTCCGGCGTCGACTCAACCAAATATCTCAAGAGACGTCCCGGAGACTTTGTCCATCCGGGTATTTGGCACACACACGAGGACTTGGAGCGCATCCGGACCAACGTCATATCCAAGAAGGACCCTTGGGCCTCGGCCTACGAGAAATTCAGCGCCGACGAATACTCCCAAGCCAACTATCAGATGCAGGGCCCGCACGCTGTAATCTCCCGCGGCAAGATCAGCAACTACACCTCGTTCGCGCATGACGTTCGCGCTGCGTGGCAGAACGCGCTGATGTGGTACATCACCCGGAACCAGTCGCACTGGGATCGGAGTACTACCATTCTCGATGCTTGGGGGAGCA       AACTAGATCTAACTTTGGACTGAGCAGCAGTTTGAACTTTGTCGGAGAATGCGGGGCCAAAAAGTGAAGTCGTTATGTCCCGCAATTCTTCCGATATCAGCGAGAATATTGCGTTGCTTCAGAGAACAAGCCATGTAACAATAAAAAAGTAAATACAAGTACTCTAACAGACCCTGTCCGCGTCACAGAAGATAGCCTGCATCGAAACCATGTGGAAGATATTCCTGAACATCCTCGCCCTAGCAGGCGTCTGTCACTCCATAGTGAGCGACATCCCTAGCGTCTACGGCCCCATTCCTCATGTCGGCGACTTCTCCGGCGTCGACTCAACCAAATATCTCAAGAGACGTCCCGGAGACTTTGTCCATCCGGGTATTTGGCACACACACGAGGACTTGGAGCGCATCCGGACCAACGTCATATCCAAGAAGGACCCTTGGGCCTCGGCCTACGAGAAATTCAGCGCCGACGAATACTCCCAAGCCAACTATCAGATGCAGGGCCCGCACGCTGTAATCTCCCGCGGCAAGATCAGCAACTACACCTCGTTCGCGCATGACGTTCGCGCTGCGTGGCAGAACGCGCTGATGTGGTACATCACCCGGAACCAGTCGCACTGGGATCGGAGTACTACCATTCTCGATGCTTGGGGGAGCAAC     17.6015 PASS    DP=89;AT=>4018>4019>4020>4022>4023>4025>4026>4028>4029>4031>4032>4034>4035>4037>4038>4040>4041>4043>4045>4046>4048>4049,>4018>4019>4020>4022>4023>4025>4026>4028>4029>4031>4032>4034>4035>4037>4038>4040>4041>4043<4044>4045>4046>4048>4049     GT:DP:AD:GL:GQ:GP:XD:MAD        .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. 1:10:2,8:-3.43222,-3.43222:8:-2.06672:12.8405:8 .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. 1:14:2,12:-3.07649,-3.07649:8:-2.07057:13.2768:12       .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. 1:6:1,6:-2.03893,-2.03893:12:-2.11262:6.04691:5 .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. 1:10:2,8:-3.49311,-3.49311:11:-2.01555:7.21167:7        .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. 1:8:2,6:-3.47131,-3.47131:11:-2.01253:6.88698:6 .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:. 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We can see that just two bases are added at the end of the REF sequence, and it is (I guess!) just a two nucleotides insertion rather than a structural variant event. The paths in the "AT" field are also extremely similar, and there is just an additional "<4044" in the ALT part.

How can I interpret all of these? Are these expected?

I wish you a nice day,

Regards,
Marion