diff --git a/R/get_name_keys.R b/R/get_name_keys.R index 81e6743..9052cd3 100644 --- a/R/get_name_keys.R +++ b/R/get_name_keys.R @@ -20,7 +20,7 @@ #' to get native ranges. To see a wider range of plausible matches adjust 'tax_status' and 'match' to 'any'. # add option to determine which sources you want to search e.g. WCVP for plants, or IF for fungi -get_name_keys <- function(df, name_column, tax_status = "accepted", match = "single", kingdom = "plantae") { +get_name_keys <- function(df, name_column, tax_status = "any", match = "single", kingdom = "plantae") { # search terms search_names <- as.vector(unlist(df[, name_column])) diff --git a/R/make_sis_csvs.R b/R/make_sis_csvs.R index b018765..327ff25 100644 --- a/R/make_sis_csvs.R +++ b/R/make_sis_csvs.R @@ -15,7 +15,9 @@ make_sis_csvs <- function(unique_id, wcvp_ipni_id, first_name, second_name, email, - institution, gbif_ref, native_ranges, kingdom = "plantae", powo_ref = FALSE) { + institution, gbif_ref = NULL, native_ranges, + family, genus, species, taxonomicAuthority, + kingdom = "plantae", powo_ref = FALSE) { if (kingdom == "plantae") { @@ -26,9 +28,9 @@ make_sis_csvs <- plantspecific <- sis_plantspecific(unique_id, kingdom) habitats <- sis_habitats(unique_id) credits <- sis_credits(unique_id, first_name, second_name, email, affiliation = institution) + taxonomy <- sis_taxonomy(unique_id, family, genus, species, taxonomicAuthority) # need to embed map into the function, but these are a bit awkward - try again later - taxonomy <- purrr::map2(unique_id, wcvp_ipni_id, sis_taxonomy) %>% dplyr::bind_rows() references <- purrr::map_dfr(unique_id, sis_references, powo_ref = powo_ref, gbif_ref) return( @@ -48,14 +50,14 @@ make_sis_csvs <- plantspecific <- sis_plantspecific(unique_id, kingdom) habitats <- sis_habitats(unique_id) credits <- sis_credits(unique_id, first_name, second_name, email, affiliation = institution) + taxonomy <- sis_taxonomy(unique_id, family,genus, species, taxonomicAuthority) # need to embed map into the function, but these are a bit awkward - try again later - #taxonomy <- purrr::map2(unique_id, wcvp_ipni_id, sis_taxonomy) %>% dplyr::bind_rows() references <- purrr::map_dfr(unique_id, sis_references, gbif_ref, powo_ref) return( list(allfields = allfields, assessments = assessments, plantspecific = plantspecific, - habitats = habitats, credits = credits, references = references + habitats = habitats, credits = credits, taxonomy = taxonomy, references = references ) ) } diff --git a/R/name_search_gbif.R b/R/name_search_gbif.R index 920d44e..1254100 100644 --- a/R/name_search_gbif.R +++ b/R/name_search_gbif.R @@ -25,8 +25,7 @@ name_search_gbif = function(name, species_rank = TRUE, match = "single", gbif_ta default_tbl = gbif_name_tbl_(name) # search using verbose to get fuzzy alternatives - matches = rgbif::name_backbone_verbose(name = name, - strict = FALSE) + matches = rgbif::name_backbone_verbose(name = name, strict = FALSE, rank = 'species') # bind together in case there are missing data matches = dplyr::bind_rows(matches$alternatives, matches$data) @@ -47,16 +46,28 @@ name_search_gbif = function(name, species_rank = TRUE, match = "single", gbif_ta results$searchName = name # adding the search name back in to results table - results = dplyr::select(results, colnames(default_tbl)) - results = dplyr::arrange(results, dplyr::desc(confidence)) - } + # check if family column exists (not for some fungi) + if ("family" %in% colnames(results)) { + # family column exists + results = dplyr::select(results, colnames(default_tbl)) + results = dplyr::arrange(results, dplyr::desc(confidence)) + } + else + # family column does not exist (for some fungi) + { + default_tbl = default_tbl %>% dplyr::select(-family) + results = dplyr::select(results, colnames(default_tbl)) + results$family <- "incertae sedis" + results = dplyr::arrange(results, dplyr::desc(confidence)) + } # option to filter on GBIF accepted species only if (gbif_tax_stat == "any"){ results = results } else { if (gbif_tax_stat == "accepted") { - results = dplyr::filter(results, status == "ACCEPTED")} + results = dplyr::filter(results, status == "ACCEPTED") + } } # option to filter on maximum confidence from GBIF search - one option only "single" @@ -64,9 +75,21 @@ name_search_gbif = function(name, species_rank = TRUE, match = "single", gbif_ta if (match == "single") { results = dplyr::slice_max(results, confidence, n = 1, with_ties = FALSE) } else { - if (match == "any") + if (match == "any") { results = results } +} + + #Check if the 'scientificName' column contains NA values + if (!is.na(results$scientificName)) { + gen_sp_auth <- rgbif::name_parse(results$scientificName) %>% + dplyr::select(genusorabove, specificepithet, authorship) %>% + dplyr::rename(genus = genusorabove, + species = specificepithet, + taxonomicAuthority = authorship) + #results <- results %>% dplyr::select(-genus, -species, -taxonomicAuthority) + results <- dplyr::bind_cols(results, gen_sp_auth) + } return(results) @@ -85,6 +108,10 @@ gbif_name_tbl_ = function(query) { status = NA_character_, rank = NA_character_, confidence = NA_integer_, - #family = NA_character_ + family = NA_character_ + #genus = NA_character_, + #species = NA_character_, + #taxonomicAuthority = NA_character_ ) } +} diff --git a/R/sis_references.R b/R/sis_references.R index d94c8b1..2ad920b 100644 --- a/R/sis_references.R +++ b/R/sis_references.R @@ -9,7 +9,7 @@ #' @export #' -sis_references = function(unique_id, gbif_ref, powo_ref) { +sis_references = function(unique_id, gbif_ref = NULL, powo_ref = NULL) { LCr_ref <- tibble::tibble( diff --git a/R/sis_taxonomy.R b/R/sis_taxonomy.R index 47aa65a..81dbf7f 100644 --- a/R/sis_taxonomy.R +++ b/R/sis_taxonomy.R @@ -6,27 +6,21 @@ #' @return Returns an SIS compliant csv file #' @export -sis_taxonomy = function(unique_id, wcvp_ipni_id){ - - name_info <- powo_lookup(wcvp_ipni_id) +sis_taxonomy = function(unique_id, family, genus, species, taxonomicAuthority){ tax = tibble::tibble( internal_taxon_id = unique_id, - family = name_info$family, - genus = name_info$genus, - species = name_info$species, - taxonomicAuthority = name_info$authors) + family = family, + genus = genus, + species = species, + taxonomicAuthority = taxonomicAuthority + ) tax = dplyr::inner_join(tax, iucn_taxonomy, by="family") - tax = tax[c(1, 7:10, 2:5)] tax$infratype = "" tax$infra_name = "" tax$infra_authority = "" - tax <- tax %>% - dplyr::rename("kingdom" = "kingdomName") %>% - dplyr::rename("phylum" = "phylumName") - return(tax) } diff --git a/data-raw/fungi_workflow.R b/data-raw/fungi_workflow.R index 9773e37..46286ee 100644 --- a/data-raw/fungi_workflow.R +++ b/data-raw/fungi_workflow.R @@ -13,22 +13,51 @@ institution = "Royal Botanic Gardens, Kew" # species list lc_species <- data.frame(sp = c( - "Russula amethystina", - "Lactarius decipiens", - "Poa annua" + "Asplenium longissimum Blume", + "Asplenium macrophyllum Sw.", + "Asplenium nidus L.", + "Boerhavia repens L. ", + "Canavalia cathartica Thouars", + "Cassytha filiformis L.", + "Dactyloctenium ctenoides (Steud.) Bosser", + "Euphorbia stoddartii Fosberg", + "Ipomoea violacea L.", + "test test", + "Lagrezia micrantha (Bak.)Schinz." + #"lntsia bijuga Colebr.) Kuntze", +# "Lepturus repens G.Forst.) R.Br.", +# "Triumfetta procumbens Forst.", +# #"lpomoea pes-caprae (L.) R.Br.", +# #"Pisonia grandis R.Br.", +# "Pteris tripartita Sw.", +# "Scaevola taccada (Gaertn.) Roxb.", +# "Sida pusilla Cav.", +# "Stenotaphrum micranthum (Desv.) C.E. Hubb.", +# #"Thelypteris opulentum (Kaulf.) J.P.Roux", +# "Triumfetta procumbens Forst." )) print(lc_species) +# gbif_names_out <- purrr::map_dfr(chagos_names$name_in, +# name_search_gbif, +# match = match, +# gbif_tax_stat = "any") + # get the keys lc_keys <- get_name_keys( - lc_species, - name_column = "sp", - tax_status = "accepted", + #lc_species, + Confident.LC.fungi.1.3.24_VS, + #name_column = "sp", + name_column = "acceptedNameAuthor", + tax_status = "any", match = "single", - kingdom = "fungi" # note this needs to change to remove the WCVP name check + kingdom = "fungi" # setting to fungi removes the WCVP check ) +# filter out the not accepted if you like +lc_keys <- lc_keys %>% dplyr::filter(GBIF_status == "ACCEPTED") + # make the LC points csv file lc_points <- make_LC_points(lc_keys, range_check = FALSE) @@ -42,7 +71,11 @@ sis_occs <- make_sis_csvs(unique_id = lc_keys$GBIF_usageKey, second_name = "Bachman", email = "s.bachman@kew.org", institution = "Royal Botanic Gardens, Kew", - gbif_ref = lc_points$citation, + family = lc_keys$GBIF_family, + genus = lc_keys$GBIF_genus, + species = lc_keys$GBIF_species, + taxonomicAuthority = lc_keys$GBIF_taxonomicAuthority, + #gbif_ref = lc_points$citation, #native_ranges = lc_points$native_ranges, # remove this for fungi kingdom = "fungi" # set to fungi ) diff --git a/data-raw/gbif_fungi_families.csv b/data-raw/gbif_fungi_families.csv new file mode 100644 index 0000000..22e099e --- /dev/null +++ b/data-raw/gbif_fungi_families.csv @@ -0,0 +1,2359 @@ +"family" +"Strigulaceae" +"Amorphothecaceae" +"Olpidiaceae" +"Odontotremataceae" +"Gyalectaceae" +"Gomphillaceae" +"Graphidaceae" +"Vialaeaceae" +"Thyridiaceae" +"Kathistaceae" +"Annulatascaceae" +"Obryzaceae" +"Glomerellaceae" +"Lichenotheliaceae" +"Mycoporaceae" +"Vizellaceae" +"Roesleriaceae" +"Pseudoperisporiaceae" +"Pseudeurotiaceae" +"Protoscyphaceae" +"Polystomellaceae" +"Phyllobatheliaceae" +"Phaneromycetaceae" +"Parodiopsidaceae" +"Parmulariaceae" +"Myxotrichaceae" +"Microtheliopsidaceae" +"Micropeltidaceae" +"Lautosporaceae" +"Englerulaceae" +"Diporothecaceae" +"Brefeldiellaceae" +"Aspidotheliaceae" +"Argynnaceae" +"Dothidotthiaceae" +"Pneumocystidaceae" +"Iodosphaeriaceae" +"Piptocephalidaceae" +"Oedogoniomycetaceae" +"Gonapodyaceae" +"Spizellomycetaceae" +"Sirobasidiaceae" +"Rhynchogastremataceae" +"Phragmoxenidiaceae" +"Hyaloriaceae" +"Cuniculitremaceae" +"Uropyxidaceae" +"Raveneliaceae" +"Pucciniosiraceae" +"Pucciniaceae" +"Mikronegeriaceae" +"Melampsoraceae" +"Cronartiaceae" +"Chaconiaceae" +"Platygloeaceae" +"Eocronartiaceae" +"Helicobasidiaceae" +"Mixiaceae" +"Leucosporidiaceae" +"Quambalariaceae" +"Gjaerumiaceae" +"Georgefischeriaceae" +"Exobasidiaceae" +"Cryptobasidiaceae" +"Brachybasidiaceae" +"Entylomataceae" +"Doassansiaceae" +"Cystobasidiaceae" +"Classiculaceae" +"Phleogenaceae" +"Mycogelidiaceae" +"Atractogloeaceae" +"Kondoaceae" +"Chionosphaeraceae" +"Hydnodontaceae" +"Thelephoraceae" +"Sebacinaceae" +"Stereaceae" +"Stephanosporaceae" +"Hybogasteraceae" +"Echinodontiaceae" +"Auriscalpiaceae" +"Amylostereaceae" +"Polyporaceae" +"Meruliaceae" +"Meripilaceae" +"Limnoperdaceae" +"Ganodermataceae" +"Cystostereaceae" +"Phallaceae" +"Claustulaceae" +"Trappeaceae" +"Phallogastraceae" +"Mesophelliaceae" +"Hysterangiaceae" +"Schizoporaceae" +"Paraglomeraceae" +"Glomeraceae" +"Acaulosporaceae" +"Archaeosporaceae" +"Ambisporaceae" +"Phyllachoraceae" +"Caulochytriaceae" +"Rhizophydiaceae" +"Globomycetaceae" +"Physodermataceae" +"Coelomomycetaceae" +"Catenariaceae" +"Blastocladiaceae" +"Wallemiaceae" +"Ustilaginaceae" +"Melanotaeniaceae" +"Cintractiellaceae" +"Anthracoideaceae" +"Urocystidaceae" +"Trichosporonaceae" +"Tremellaceae" +"Tetragoniomycetaceae" +"Catabotrydaceae" +"Endogonaceae" +"Ancylistaceae" +"Entomophthoraceae" +"Neozygitaceae" +"Kickxellaceae" +"Mortierellaceae" +"Mucoraceae" +"Pilobolaceae" +"Radiomycetaceae" +"Cochlonemataceae" +"Ascodichaenaceae" +"Pleomassariaceae" +"Naetrocymbaceae" +"Peltulaceae" +"Lichinaceae" +"Heppiaceae" +"Gloeoheppiaceae" +"Thelotremataceae" +"Umbilicariaceae" +"Elixiaceae" +"Ropalosporaceae" +"Microcaliciaceae" +"Megalosporaceae" +"Pertusariaceae" +"Ochrolechiaceae" +"Caliciaceae" +"Megasporaceae" +"Coccotremataceae" +"Placynthiaceae" +"Pannariaceae" +"Ascocorticiaceae" +"Dermateaceae" +"Hemiphacidiaceae" +"Loramycetaceae" +"Leotiaceae" +"Cudoniaceae" +"Lahmiaceae" +"Orbiliaceae" +"Ascodesmidaceae" +"Caloscyphaceae" +"Chorioactidaceae" +"Pyronemataceae" +"Rhizinaceae" +"Sarcosomataceae" +"Tuberaceae" +"Ascoideaceae" +"Cephaloascaceae" +"Dipodascaceae" +"Lipomycetaceae" +"Metschnikowiaceae" +"Saccharomycetaceae" +"Trichomonascaceae" +"Calosphaeriaceae" +"Pleurostomataceae" +"Coniochaetaceae" +"Nitschkiaceae" +"Diaporthaceae" +"Gnomoniaceae" +"Melogrammataceae" +"Sydowiellaceae" +"Togniniaceae" +"Valsaceae" +"Nectriaceae" +"Lulworthiaceae" +"Spathulosporaceae" +"Ceratostomataceae" +"Ceratocystidaceae" +"Ophiostomataceae" +"Rhizophlyctidaceae" +"Lasiosphaeriaceae" +"Sordariaceae" +"Amphisphaeriaceae" +"Clypeosphaeriaceae" +"Hyponectriaceae" +"Myelospermataceae" +"Xylariaceae" +"Taphrinaceae" +"Agaricaceae" +"Amanitaceae" +"Cortinariaceae" +"Cyphellaceae" +"Entolomataceae" +"Hygrophoraceae" +"Inocybaceae" +"Lyophyllaceae" +"Marasmiaceae" +"Mycenaceae" +"Phelloriniaceae" +"Physalacriaceae" +"Pleurotaceae" +"Psathyrellaceae" +"Schizophyllaceae" +"Strophariaceae" +"Tapinellaceae" +"Amylocorticiaceae" +"Calostomataceae" +"Diplocystidiaceae" +"Gastrosporiaceae" +"Gomphidiaceae" +"Gyroporaceae" +"Hygrophoropsidaceae" +"Paxillaceae" +"Sclerogastraceae" +"Botryobasidiaceae" +"Tulasnellaceae" +"Geastraceae" +"Asellariaceae" +"Harpellaceae" +"Lentariaceae" +"Acrospermaceae" +"Botryosphaeriaceae" +"Antennulariellaceae" +"Asterinaceae" +"Capnodiaceae" +"Euantennariaceae" +"Metacapnodiaceae" +"Mycosphaerellaceae" +"Piedraiaceae" +"Schizothyriaceae" +"Teratosphaeriaceae" +"Coccoideaceae" +"Dothideaceae" +"Dothioraceae" +"Planistromellaceae" +"Hysteriaceae" +"Aliquandostipitaceae" +"Aulographaceae" +"Microthyriaceae" +"Cookellaceae" +"Sphaerophoraceae" +"Scoliciosporaceae" +"Ramalinaceae" +"Psoraceae" +"Corynesporascaceae" +"Cucurbitariaceae" +"Delitschiaceae" +"Didymosphaeriaceae" +"Fenestellaceae" +"Lophiostomataceae" +"Montagnulaceae" +"Mytilinidiaceae" +"Sporormiaceae" +"Testudinaceae" +"Ascosphaeraceae" +"Herpotrichiellaceae" +"Elaphomycetaceae" +"Thermoascaceae" +"Lecanoraceae" +"Hymeneliaceae" +"Ajellomycetaceae" +"Arthrodermataceae" +"Onygenaceae" +"Catillariaceae" +"Brigantiaeaceae" +"Euceratomycetaceae" +"Herpomycetaceae" +"Laboulbeniaceae" +"Arctomiaceae" +"Schaereriaceae" +"Verrucariaceae" +"Crocyniaceae" +"Monoblastiaceae" +"Mycocaliciaceae" +"Trypetheliaceae" +"Plectosphaerellaceae" +"Papulosaceae" +"Magnaporthaceae" +"Batistiaceae" +"Apiosporaceae" +"Epigloeaceae" +"Thrombiaceae" +"Seuratiaceae" +"Saccardiaceae" +"Pyrenothricaceae" +"Mesnieraceae" +"Meliolinaceae" +"Mastodiaceae" +"Koralionastetaceae" +"Hypsostromataceae" +"Eremomycetaceae" +"Eoterfeziaceae" +"Ascoporiaceae" +"Phillipsiellaceae" +"Thelocarpaceae" +"Vezdaeaceae" +"Phlyctidaceae" +"Coenogoniaceae" +"Monascaceae" +"Eremascaceae" +"Arthrorhaphidaceae" +"Coniocybaceae" +"Protothelenellaceae" +"Thelenellaceae" +"Gymnoascaceae" +"Discinaceae" +"Helvellaceae" +"Typhulaceae" +"Zoopagaceae" +"Sigmoideomycetaceae" +"Neocallimastigaceae" +"Monoblepharidaceae" +"Harpochytriaceae" +"Terramycetaceae" +"Kappamycetaceae" +"Aquamycetaceae" +"Synchytriaceae" +"Endochytriaceae" +"Cladochytriaceae" +"Chytridiaceae" +"Sorochytriaceae" +"Websdaneaceae" +"Uleiellaceae" +"Geminaginaceae" +"Clintamraceae" +"Mycosyringaceae" +"Glomosporiaceae" +"Doassansiopsidaceae" +"Carcinomycetaceae" +"Filobasidiaceae" +"Cystofilobasidiaceae" +"Septobasidiaceae" +"Uncolaceae" +"Pucciniastraceae" +"Pileolariaceae" +"Phragmidiaceae" +"Phakopsoraceae" +"Coleosporiaceae" +"Saccoblastiaceae" +"Pachnocybaceae" +"Sporidiobolaceae" +"Ustilentylomataceae" +"Microbotryaceae" +"Heterogastridiaceae" +"Tilletiaceae" +"Volvocisporiaceae" +"Microstromataceae" +"Tilletiariaceae" +"Eballistraceae" +"Graphiolaceae" +"Rhamphosporaceae" +"Melaniellaceae" +"Entorrhizaceae" +"Dacrymycetaceae" +"Cryptomycocolacaceae" +"Agaricostilbaceae" +"Bankeraceae" +"Russulaceae" +"Peniophoraceae" +"Lachnocladiaceae" +"Hericiaceae" +"Bondarzewiaceae" +"Albatrellaceae" +"Xenasmataceae" +"Sparassidaceae" +"Phanerochaetaceae" +"Fomitopsidaceae" +"Gallaceaceae" +"Pacisporaceae" +"Gigasporaceae" +"Diversisporaceae" +"Geosiphonaceae" +"Phaeochoraceae" +"Basidiobolaceae" +"Dimargaritaceae" +"Completoriaceae" +"Meristacraceae" +"Choanephoraceae" +"Cunninghamellaceae" +"Mycotyphaceae" +"Phycomycetaceae" +"Syncephalastraceae" +"Umbelopsidaceae" +"Helicocephalidaceae" +"Rhytismataceae" +"Lecideaceae" +"Davidiellaceae" +"Meliolaceae" +"Leptopeltidaceae" +"Elsinoaceae" +"Myriangiaceae" +"Stereocaulaceae" +"Sarrameanaceae" +"Patellariaceae" +"Parmeliaceae" +"Diademaceae" +"Leptosphaeriaceae" +"Massarinaceae" +"Melanommataceae" +"Mycoblastaceae" +"Parodiellaceae" +"Phaeosphaeriaceae" +"Phaeotrichaceae" +"Miltideaceae" +"Pleosporaceae" +"Tubeufiaceae" +"Venturiaceae" +"Zopfiaceae" +"Megalariaceae" +"Arachnomycetaceae" +"Chaetothyriaceae" +"Coccodiniaceae" +"Coryneliaceae" +"Trichocomaceae" +"Haematommataceae" +"Massariaceae" +"Gypsoplacaceae" +"Cladoniaceae" +"Requienellaceae" +"Adelococcaceae" +"Ceratomycetaceae" +"Pyxidiophoraceae" +"Biatorellaceae" +"Aphanopsidaceae" +"Candelariaceae" +"Trapeliaceae" +"Baeomycetaceae" +"Agyriaceae" +"Acarosporaceae" +"Calycidiaceae" +"Dactylosporaceae" +"Ectolechiaceae" +"Xanthopyreniaceae" +"Pyrenulaceae" +"Celotheliaceae" +"Sphinctrinaceae" +"Dacampiaceae" +"Arthopyreniaceae" +"Tephromelataceae" +"Porpidiaceae" +"Roccellaceae" +"Melaspileaceae" +"Chrysothricaceae" +"Arthoniaceae" +"Myeloconidiaceae" +"Ophioparmaceae" +"Massalongiaceae" +"Fuscideaceae" +"Teloschistaceae" +"Physciaceae" +"Letrouitiaceae" +"Rhizocarpaceae" +"Icmadophilaceae" +"Peltigeraceae" +"Nephromataceae" +"Lobariaceae" +"Rhizoplacopsidaceae" +"Collemataceae" +"Cyttariaceae" +"Erysiphaceae" +"Geoglossaceae" +"Helotiaceae" +"Hyaloscyphaceae" +"Phacidiaceae" +"Rutstroemiaceae" +"Sclerotiniaceae" +"Vibrisseaceae" +"Bulgariaceae" +"Thelebolaceae" +"Coccocarpiaceae" +"Stictidaceae" +"Porinaceae" +"Neolectaceae" +"Medeolariaceae" +"Triblidiaceae" +"Ascobolaceae" +"Carbomycetaceae" +"Karstenellaceae" +"Morchellaceae" +"Pezizaceae" +"Sarcoscyphaceae" +"Endomycetaceae" +"Eremotheciaceae" +"Phaffomycetaceae" +"Pichiaceae" +"Saccharomycodaceae" +"Saccharomycopsidaceae" +"Schizosaccharomycetaceae" +"Boliniaceae" +"Chaetosphaeriaceae" +"Bertiaceae" +"Chaetosphaerellaceae" +"Cryphonectriaceae" +"Melanconidaceae" +"Pseudovalsaceae" +"Schizoparmaceae" +"Bionectriaceae" +"Clavicipitaceae" +"Cordycipitaceae" +"Hypocreaceae" +"Niessliaceae" +"Ophiocordycipitaceae" +"Hispidicarpomycetaceae" +"Chadefaudiellaceae" +"Halosphaeriaceae" +"Microascaceae" +"Cephalothecaceae" +"Chaetomiaceae" +"Helminthosphaeriaceae" +"Trichosphaeriaceae" +"Cainiaceae" +"Diatrypaceae" +"Graphostromataceae" +"Protomycetaceae" +"Bolbitiaceae" +"Broomeiaceae" +"Clavariaceae" +"Fistulinaceae" +"Hemigasteraceae" +"Hydnangiaceae" +"Niaceae" +"Pluteaceae" +"Pterulaceae" +"Coniophoraceae" +"Gasterellaceae" +"Protogastraceae" +"Rhizopogonaceae" +"Sclerodermataceae" +"Serpulaceae" +"Suillaceae" +"Aphelariaceae" +"Cantharellaceae" +"Ceratobasidiaceae" +"Clavulinaceae" +"Hydnaceae" +"Corticiaceae" +"Gloeophyllaceae" +"Legeriomycetaceae" +"Clavariadelphaceae" +"Gomphaceae" +"Hymenochaetaceae" +"Tricholomataceae" +"Auriculariaceae" +"Boletaceae" +"Boletinellaceae" +"Glaziellaceae" +"Atheliaceae" +"Pilocarpaceae" +"Pachyascaceae" +"Dematiaceae" +"Huiliaceae" +"Gyrophoromycetaceae" +"Dexteriaceae" +"Leccinaceae" +"Melanoleucaceae" +"Phragmotrichiaceae" +"Synpyxidaceae" +"Milowiaceae" +"Limboriaceae" +"Porocyphaceae" +"Alphamycetaceae" +"Waldemariaceae" +"Panaeolaceae" +"Mammariaceae" +"Lunulosporaceae" +"Spirophaeraceae" +"Amauroascaceae" +"Pseudotremellodendraceae" +"Psidimoposporaceae" +"Aessosporonaceae" +"Redibiposporaceae" +"Yeniaceae" +"Hexagonellaceae" +"Punctulariaceae" +"Hermatomycetaceae" +"Squamarinaceae" +"Hymenomycetes" +"Hymenaceae" +"Palaeoclavariaceae" +"Teichosporaceae" +"Cetradoniaceae" +"Truncocolumellaceae" +"Oliveoniaceae" +"Diplocladiaceae" +"Paullicorticiaceae" +"Clavuliciaceae" +"Nephromiaceae" +"Mucedinaceae" +"Labyrinthomyxaceae" +"Pilacraceae" +"Cladoniomycetaceae" +"Arthoniomycetaceae" +"Pilulinaceae" +"Astraeaceae" +"Laetiporaceae" +"Botryoblastoconidiaceae" +"Calosporaceae" +"Hygrocybaceae" +"Coprinogastraceae" +"Cylindroroccellaceae" +"Cryptomycinaceae" +"Cupulariaceae" +"Dactusneaceae" +"Discoidei" +"Gloenoblastiaceae" +"Squamanitaceae" +"Thrausmatopeltinaceae" +"Polystictaceae" +"Myxomycidiaceae" +"Biflaamsporaceae" +"Camarophyllaceae" +"Sirodesmiaceae" +"Seirosporaceae" +"Astrotheliaceae" +"Pseudoglomeraceae" +"Cercosporaceae" +"Drepanopezizaceae" +"Zopfiellaceae" +"Graphithalamae" +"Cenomycetaceae" +"Chaetomycetaceae" +"Xenosporiaceae" +"Cytisporei" +"Sistotremataceae" +"Linderomycetaceae" +"Acanthophysiaceae" +"Laxitextaceae" +"Appendicisporaceae" +"Archerussulaceae" +"Spilomataceae" +"Xeromycetaceae" +"Lepiotulaceae" +"Lempholemataceae" +"Gliocephalidaceae" +"Dendrini" +"Septoidiaceae" +"Fusicladiellaceae" +"Licrostromataceae" +"Meristemobasidiaceae" +"Polyactidaceae" +"Phaeophragmiaceae" +"Wardomycetaceae" +"Pseudohiatulaceae" +"Laccariaceae" +"Oidiodendraceae" +"Tiarosporellaceae" +"Bicufrasporaceae" +"Dermatiscaceae" +"Nowakowskiellaceae" +"Preussiaceae" +"Saturnopichiaceae" +"Dermatogastri" +"Psidisporaceae" +"Dactylosporiaceae" +"Laammopomopiosporaceae" +"Dwayalomataceae" +"Heteroframosporaceae" +"Isidiaceae" +"Parascutellosporaceae" +"Cladorhinaceae" +"Byssophytaceae" +"Spinaliaceae" +"Phaeotrametaceae" +"Psifrasporaceae" +"Endoxylaceae" +"Macbrideolaceae" +"Sterile" +"Aerogastri" +"Schizotorulopsidaceae" +"Mitraceae" +"Lomaanthaceae" +"Dendrosporiaceae" +"Gloniaceae" +"Angulomycetaceae" +"Septocylindriaceae" +"Irpicomycetaceae" +"Stigmateopsidaceae" +"Stigmateaceae" +"Stiframosporaceae" +"Stidizosporaceae" +"Stidibiposporaceae" +"Lophotrichaceae" +"Entopeltidaceae" +"Pteroconiaceae" +"Pringsheimiaceae" +"Porotheleaceae" +"Porohydnaceae" +"Polystomellopsidaceae" +"Tectellaceae" +"Pseudosaccharomycetaceae" +"Mocidisporaceae" +"Didymellaceae" +"Biciframopiosporaceae" +"Teammopiosporaceae" +"Geoporaceae" +"Gibberaceae" +"Gyrophragmiaceae" +"Hemiascaceae" +"Hyalostilbaceae" +"Lactaro-russulaceae" +"Hypochnaceae" +"Laureraceae" +"Pachnolepiaceae" +"Parmulinaceae" +"Peltopycnidiaceae" +"Singeromycetaceae" +"Phialoconidiaceae" +"Planoroccellaceae" +"Pithoascaceae" +"Phyllolecideaceae" +"Phylaciaceae" +"Roselliniaceae" +"Sporigastraceae" +"Stainwardiaceae" +"Cystangiaceae" +"Stegasphaeriaceae" +"Sympoduloconidiaceae" +"Theloramalinaceae" +"Tholurnaceae" +"Polystigmataceae" +"Vampyrellaceae" +"Prototrichiaceae" +"Protosteliopsidaceae" +"Hymenulaceae" +"Phagomyxaceae" +"Monocystaceae" +"Licaethaliaceae" +"Zygochytriaceae" +"Zoammopiosporaceae" +"Zerovaemycetaceae" +"Zaghouaniaceae" +"Xylomataceae" +"Panaeolinaceae" +"Orbiculaceae" +"Trichodermataceae" +"Pleurotheliaceae" +"Trichocladaceae" +"Torulaceae" +"Tornabeniaceae" +"Tomentellaceae" +"Tichotheciaceae" +"Thysanotheciaceae" +"Thyreomycetaceae" +"Thryptosporaceae" +"Thrinacosporaceae" +"Carpobolaceae" +"Thelidiaceae" +"Sporidesmiaceae" +"Sporendonemataceae" +"Sphaerosomataceae" +"Vuilleminiaceae" +"Triposporiaceae" +"Sphaeriaceae" +"Dirinaceae" +"Spartiellaceae" +"Sphaerophragmiaceae" +"Rhodotorulopsidaceae" +"Rhodotorulaceae" +"Rhodogoniosporaceae" +"Rhizidiaceae" +"Pyxineaceae" +"Pythiomorphaceae" +"Martelliaceae" +"Pycnothyriaceae" +"Pycnidiaceae" +"Pulverariaceae" +"Schizosporaceae" +"Sarcosporaceae" +"Gamocidisporaceae" +"Psiambiposporaceae" +"Pseudoverrucariaceae" 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+"Davalliaceae" +"Dipteridaceae" +"Loxsomataceae" +"Oleandraceae" +"Woodsiaceae" +"Botrychiaceae" +"Lomariopsidaceae" +"Tectariaceae" +"Umbellaceae" +"Raskyellaceae" +"Stichococcaceae" +"Dolichomastigaceae" +"Monomastigaceae" +"Palmophyllaceae" +"Carteriaceae" +"Elakatotrichaceae" +"Jaoaceae" +"Diploporaceae" +"Seletonellaceae" +"Treubariaceae" +"Microthamniaceae" +"Ctenocladaceae" +"Takakiaceae" +"Hymenophytonaceae" +"Chaetophyllopsaceae" +"Lophoziaceae" +"Hypopterygiaceae" +"Leucobryaceae" +"Trichostomaceae" +"Vojnovskyaceae" +"Utrechtiaceae" +"Bartheliaceae" +"Cheirolepidiaceae" +"Emporiaceae" +"Taxodiaceae" +"Umkomasiaceae" +"Peltaspermaceae" +"Lyginopteridaceae" +"Pentoxylaceae" +"Iteaceae" +"Melianthaceae" +"Balanopaceae" +"Humiriaceae" +"Achariaceae" +"Dichapetalaceae" +"Trigoniaceae" +"Bonnetiaceae" +"Eupomatiaceae" +"Degeneriaceae" +"Grubbiaceae" +"Curtisiaceae" +"Aphloiaceae" +"Crypteroniaceae" +"Penaeaceae" +"Vochysiaceae" +"Ancistrocladaceae" +"Didiereaceae" +"Vivianiaceae" +"Huaceae" +"Cephalotaceae" +"Bruniaceae" +"Pentaphragmataceae" +"Stylidiaceae" +"Salvadoraceae" +"Gyrostemonaceae" +"Pentadiplandraceae" +"Griseliniaceae" +"Opiliaceae" +"Vahliaceae" +"Kirkiaceae" +"Nitrariaceae" +"Martyniaceae" +"Stilbaceae" +"Byblidaceae" +"Cardiopteridaceae" +"Sphaerosepalaceae" +"Roridulaceae" +"Montiniaceae" +"Trochodendraceae" +"Escalloniaceae" +"Barbeyaceae" +"Trimeniaceae" +"Priscaceae" +"Glaucosphaeraceae" +"Chaetangiaceae" +"Helminthocladiaceae" +"Flabellinaceae" +"Proauloporaceae" +"Ungdarellaceae" +"Acanthinaceae" +"Fistulellaceae" +"Moniliporellaceae" +"Sajaniaceae" +"Erbinaceae" +"Pustulariaceae" +"Calosiphoniaceae" +"Solieriaceae" +"Spongiophytaceae" +"Phellinaceae" +"Cynarocephalaceae" +"Heloseaceae" +"Tetrachondraceae" +"Cynomoriaceae" +"Calamaceae" +"Parnassiaceae" +"Tetrameristaceae" +"Calceolariaceae" +"Tetracentraceae" +"Gerrardinaceae" +"Paracryphiaceae" +"Ternstroemiaceae" +"Halocarpaceae" +"Schlegeliaceae" +"Hydrostachyaceae" +"Prumnopityaceae" +"Nageiaceae" +"Gronoviaceae" +"Hydrastidaceae" +"Tapisciaceae" +"Ctenolophonaceae" +"Aphyllanthaceae" +"Sarcospermaceae" +"Haptanthaceae" +"Hydnoraceae" +"Anthericaceae" +"Durionaceae" +"Hyacinthaceae" +"Stylobasiaceae" +"Pteridophyllaceae" +"Anisophylleaceae" +"Strasburgeriaceae" +"Hoplestigmataceae" +"Oncothecaceae" +"Herreriaceae" +"Amborellaceae" +"Oliniaceae" +"Himantandraceae" +"Pilgerodendraceae" +"Stegnospermataceae" +"Convallariaceae" +"Alseuosmiaceae" +"Hemerocallidaceae" +"Picramniaceae" +"Culcitaceae" +"Helwingiaceae" +"Alliaceae" +"Stachyuraceae" +"Columelliaceae" +"Coriariaceae" +"Limnocharitaceae" +"Neuradaceae" +"Akaniaceae" +"Cochlospermaceae" +"Agdestidaceae" +"Sarcobataceae" +"Lophiocarpaceae" +"Scyphostegiaceae" +"Eucommiaceae" +"Cheilosaceae" +"Myrothamnaceae" +"Gumilleaceae" +"Circaeasteraceae" +"Aphanopetalaceae" +"Guamatelaceae" +"Hesperocallaceae" +"Apodanthaceae" +"Poliothyrsidaceae" +"Myodocarpaceae" +"Microstrobaceae" +"Greyiaceae" +"Platycladaceae" +"Fitzroyaceae" +"Platyspermatiaceae" +"Goupiaceae" +"Morinaceae" +"Trichomanaeaceae" +"Falcatifoliaceae" +"Asteropeiaceae" +"Geniostomaceae" +"Gelsemiaceae" +"Sarcolaenaceae" +"Globulariaceae" +"Misodendraceae" +"Brownlowiaceae" +"Rehmanniaceae" +"Argophyllaceae" +"Glaucidiaceae" +"Behniaceae" +"Gisekiaceae" +"Carlemanniaceae" +"Euphroniaceae" +"Acmopyleaceae" +"Cleomaceae" +"Geissolomataceae" +"Rhoipteleaceae" +"Saccolomataceae" +"Saxegothaeaceae" +"Widdringtoniaceae" +"Medusandraceae" +"Arceuthidaceae" +"Thomandersiaceae" +"Medusagynaceae" +"Rhabdodendraceae" +"Lepidothamnaceae" +"Eupteleaceae" +"Quiinaceae" +"Eriospermaceae" +"Malesherbiaceae" +"Pterostemonaceae" +"Eschscholtziaceae" +"Lepidobotryaceae" +"Microcachrydaceae" +"Microcachryaceae" +"Anemarrhenaceae" +"Hostaceae" +"Lophopyxidaceae" +"Physenaceae" +"Dacrydiaceae" +"Emblingiaceae" +"Dacrycarpaceae" +"Ixerbaceae" +"Hypodematiaceae" +"Ripogonaceae" +"Cystopteridaceae" +"Neocallitropsidaceae" +"Cystodiaceae" +"Talinaceae" +"Parasitaxaceae" +"Diselmaceae" +"Drosophyllaceae" +"Prioniaceae" +"Stemonuraceae" +"Stixaceae" +"Dipentodontaceae" +"Ledocarpaceae" +"Libocedraceae" +"Plagiogyriaceae" +"Linderniaceae" +"Dioncophyllaceae" +"Nephrolepidaceae" +"Lindenbergiaceae" +"Barbeuiaceae" +"Diegodendraceae" +"Didymelaceae" +"Tristichaceae" +"Rhynchocalycaceae" +"Phrymaceae" +"Berberidopsidaceae" +"Lactoridaceae" +"Aextoxicaceae" +"Maesaceae" +"Trilliaceae" +"Mackinlayaceae" +"Trichopodaceae" +"Austrobaileyaceae" +"Tetradiclidaceae" +"Urostachyaceae" +"Bracteocarpaceae" +"Sequoiaceae" +"Penthoraceae" +"Torricelliaceae" +"Ixonanthaceae" +"Pentaphylacaceae" +"Asphodelaceae" +"Daphniphyllaceae" +"Cibotiaceae" +"Chaetopeltidaceae" +"Helicodictyaceae" +"Dichotomosiphonaceae" +"Mitrastemonaceae" +"Podostemonaceae" +"Nolanaceae" +"Grateloupiaceae" +"Cryptonemiaceae" +"Erythropeltidaceae" +"Scouleriaceae" +"Rhytidiaceae" +"Helodiaceae" +"Anomodontaceae" +"Diphysciaceae" +"Scourfieldiaceae" +"Codiolaceae" +"Prasinococcaceae" +"Pterocladiaceae" +"Stictosporaceae" +"Chondriellaceae" +"Spyridiaceae" +"Hapalidiaceae" +"Zygopteridaceae" +"Zosterophyllaceae" +"Williamsoniaceae" +"Wetheredellaceae" +"Ullmanniaceae" +"Trimerophytaceae" +"Trichopityaceae" +"Tomentulaceae" +"Tingyostachyaceae" +"Thucydiaceae" +"Tetramelaceae" +"Tetracarpaeaceae" +"Tempskyaceae" +"Tedeleaceae" +"Tchernoviaceae" +"Taeniopteridaceae" +"Szeellaceae" +"Sublepidodendraceae" +"Stauropteridaceae" +"Sporangiostrobaceae" +"Spenceritaceae" +"Sorocaulaceae" +"Sladeniaceae" +"Skaaripteridaceae" +"Siparunaceae" +"Simplothecaceae" +"Sigillariostrobaceae" +"Sermayaceae" +"Serligiaceae" +"Scorpidiaceae" +"Schoepfiaceae" +"Rufloriaceae" +"Rousseaceae" +"Rhacophytaceae" +"Quillajaceae" +"Pseudoborniaceae" +"Pseudoanthaceae" +"Protopityaceae" +"Protolepidodendraceae" +"Potentillinaceae" +"Pleuromeiaceae" +"Pinnoputamenaceae" +"Pilotrichaceae" +"Phyllonomaceae" +"Petriellaceae" +"Peraceae" +"Pennantiaceae" +"Paulowniaceae" +"Parachabakoviaceae" +"Palissyaceae" +"Palaeoberesellaceae" +"Palaeoaplysinaceae" +"Oltmannsiellopsidaceae" +"Octoblepharaceae" +"Notocalamitaceae" +"Noeggerathiaceae" +"Nilssoniaceae" +"Nemaliaceae" +"Mucilinaceae" +"Montiaceae" +"Moellerinaceae" +"Miadesmiaceae" +"Metteniusaceae" +"Majonicaceae" +"Lycopodiopsidaceae" +"Limeaceae" +"Leucomiaceae" +"Leptophloeaceae" +"Lepidosigillariaceae" +"Lanciculaceae" +"Kundatiaceae" +"Kossoviellaceae" +"Kofoidiellaceae" +"Koeberliniaceae" +"Knorripteridaceae" +"Kladnostrobaceae" +"Kadvoyaceae" +"Jubulopsaceae" +"Iridopteridaceae" +"Hypericaceae" +"Hydroleaceae" +"Honanellaceae" +"Heroleandraceae" +"Haskinsiaceae" +"Gymnocodiaceae" +"Guaireaceae" +"Gondwanostachyaceae" +"Gigantopteridaceae" +"Flemingitaceae" +"Ferugliocladaceae" +"Eviostachyaceae" +"Eremosphaeraceae" +"Erdtmanithecaceae" +"Eocharaceae" +"Emplectopteridaceae" +"Echinostachyaceae" +"Drepanophycaceae" +"Dirachmaceae" +"Dicranophyllaceae" +"Diaphorodendraceae" +"Demidellaceae" +"Czekanowskiaceae" +"Cytinaceae" +"Cynepteridaceae" +"Cymatiosphaeraceae" +"Cyclostigmaceae" +"Cyclodendraceae" +"Crustomastigaceae" +"Cornutulaceae" +"Cordaitaceae" +"Chovanellaceae" +"Chlorokybaceae" +"Chaloneriaceae" +"Chabakoviaceae" +"Centromonadaceae" +"Cecropsidaceae" +"Caytoniaceae" +"Caudatocarpaceae" +"Catagoniaceae" +"Cambrinaceae" +"Calophyllaceae" +"Callistophytaceae" +"Calcifoliaceae" +"Calamopityaceae" +"Buriadiaceae" +"Biebersteiniaceae" +"Batineviaceae" +"Bathycoccaceae" +"Barinophytaceae" +"Balantiopsaceae" +"Autophyllitaceae" +"Austrocalyxaceae" +"Atherospermataceae" +"Asteroxylaceae" +"Asterothecaceae" +"Archaeosigillariaceae" +"Archaeopteridaceae" +"Archaeolithophyllaceae" +"Archaeocalamitaceae" +"Arberiaceae" +"Aphanochaetaceae" +"Aoujgaliaceae" +"Aneurophytaceae" +"Anacampserotaceae" +"Altingiaceae" +"Athyriaceae" +"Gloeotilaceae" +"Agapanthaceae" +"Laxmanniaceae" +"Themidaceae" +"Maundiaceae" +"Luzuriagaceae" +"Thismiaceae" +"Ehretiaceae" +"Petiveriaceae" +"Reaumuriaceae" +"Sambucaceae" +"Viburnaceae" +"Aptandraceae" +"Octoknemaceae" +"Erythropalaceae" +"Hypseocharitaceae" +"Memecylaceae" +"Francoaceae" +"Byttneriaceae" +"Toricelliaceae" +"Mystropetalaceae" +"Coulaceae" +"Winteranaceae" +"Arjonaceae" +"Ochranthaceae" +"Heliotropiaceae" +"Wellstediaceae" +"Cordiaceae" +"Ximeniaceae" +"Microteaceae" +"Alsinaceae" +"Cevalliaceae" +"Amphorogynaceae" +"Samydaceae" +"Nanodeaceae" +"Heisteriaceae" +"Tetrastylidiaceae" +"Cervantesiaceae" +"Thesiaceae" +"Comandraceae" +"Chaunochitonaceae" +"Cathedraceae" +"Asaraceae" +"Helicteraceae" +"Pentapetaceae" +"Coridaceae" +"Strombosiaceae" +"Smilaceae" +"Credneriaceae" +"Dimorphosiphonaceae" +"Sphenopteridae" +"Craticulaceae" +"Palaeoaplysinidae" +"Alethopteridae" +"Triploporellaceae" +"Beresellaceae" +"Aternasusaceae" +"Donezellidae" +"Anatoliporaceae" +"Neuropteridae" +"Feistiellaceae" +"Sawdoniaceae" +"Hsuaceae" +"Gosslingiaceae" +"Archaefructaceae" +"Haloragidaceae" +"Simarubaceae" +"Alismaceae" +"Chroolepidaceae" +"Udoteaceae" +"Goniotrichaceae" +"Pylaisiadelphaceae" +"Orthodontiaceae" +"Ambuchananiaceae" +"Yridaceae" +"Personiellaceae" +"Meiodiscaceae" +"Fryeellaceae" +"Hymenocladiaceae" +"Wrangeliaceae" +"Rhodellaceae" +"Symphyodontaceae" +"Calliergonaceae" +"Neochloridaceae" +"Golenkiniaceae" +"Okellyaceae" +"Pteridophyta" +"Distichiaceae" +"Sorastraceae" +"Koliellaceae" +"Bolbocoleonaceae" +"Chlorochytriaceae" +"Ankistrodesmaceae" +"Inkyuleeaceae" +"Callithamniaceae" +"Dixoniellaceae" +"Voltziaceae" +"Petenaeaceae" +"Gloeodendraceae" +"Rhipiliaceae" +"Leptosiraceae" +"Trebouxiaceae" +"Cloniophoraceae" +"Sphaerocystidaceae" +"Raciborskiellaceae" +"Asteromonadaceae" +"Scotiellocystoidaceae" +"Sphaerodictyaceae" +"Rhopalosolenaceae" +"Dangeardinellaceae" +"Selenastraceae" +"Bracteacoccaceae" +"Galdieriaceae" +"Tsengiaceae" +"Schmiziellaceae" +"Rhodachlyaceae" +"Rufusiaceae" +"Leiosphaeridaceae" +"Appianaceae" +"Xanthoceraceae" +"Distomataceae" +"Nototyladaceae" +"Gonatozygaceae" +"Macarthuriaceae" +"Dryopteridacae" +"Protohalimedaceae" +"Aspeniaceae" +"Granufilaceae" +"Borthwickiaceae" +"Pseudocladophoraceae" +"Boodleaceae" +"Entwisleiaceae" +"Apleniaceae" +"Pithophoraceae" +"Diplaziopsidaceae" +"Rhachidosoraceae" +"Braithwaiteaceae" +"Tumidellaceae" +"Chondrymeniaceae" +"Trachylomataceae" +"Didymochlaenaceae" +"Gymnomitriacae" +"Pulchrinodaceae" +"Rotundellaceae" +"Mazaceae" +"Pterobryellaceae" +"Hemidictyaceae" +"Lonchitidaceae" +"Kewaceae" +"Bracteamorphaceae" +"Phasmatocycadaceae" +"Cornucarpaceae" +"Neomariopteridaceae" +"Ptychocarpaceae" +"Leclercqiaceae" +"Pachytestaceae" +"Yimaiaceae" +"Spermopteridaceae" +"Buteoxylaceae" +"Stacheinaceae" +"Denkaniaceae" +"Colpospermaceae" +"Calathiopsidaceae" +"Breyteniaceae" +"Codonospermaceae" +"Lyonophytaceae" +"Jurinodendraceae" +"Dictyopteridiaceae" +"Sturianthaceae" +"Renaliaceae" +"Pullarithecaceae" +"Hydropteridiaceae" +"Hexapterospermaceae" +"Crossozamiaceae" +"Umaltolepidiaceae" +"Naiadaceae" +"Autuniaceae" +"Salpingoporelleae" +"Schmeissneriaceae" +"Cycadeoideaceae" +"Weichseliaceae" +"Stephanospermaceae" +"Monostysisyrinaceae" +"Leuthardtiaceae" +"Beaniaceae" +"Blasariaceae" +"Karkeniaceae" +"Sporophyllitaceae" +"Langiophytaceae" +"Botryopteridiaceae" +"Discopteridaceae" +"Polylophospermaceae" +"Konnostachyaceae" +"Parthaceae" +"Cycadocarpidiaceae" +"Gnetopsidaceae" +"Steloxylaceae" +"Angaropeltidaceae" +"Alethopteridaceae" +"Desmophlebiaceae" +"Blepharostomataceae" +"Corbichoniaceae" +"Schizochlamydaceae" +"Saulomataceae" +"Pseudomuriellaceae" +"Diettertiaceae" +"Picocystaceae" +"Endogemmataceae" +"Chromochloridaceae" +"Southbyaceae" +"Stephaniellaceae" +"Hygrobiellaceae" +"Timmiellaceae" +"Hypodontiaceae" +"Bolbocoleaceae" +"Schimperobryaceae" +"Leptostomataceae" +"Portulacaeae" +"Codonaceae" +"Schmitziellaceae" +"Drummondiaceae" +"Pallaviciniacea" +"Resultomonadaceae" +"Pelliacaea" +"Chloropicaceae" +"Mychonastaceae" +"Ptilocladiopsidaceae" +"Notoscyphaceae" +"Commelinacea" +"Naiaditaceae" +"Dictyococcaceae" +"Funariacea" +"Scotinosphaeraceae" +"Rigbyaceae" +"Saccogynaceae" +"Noterocladaceae" +"Schroederiaceae" +"Harpanthaceae" +"Dictyochloridaceae" +"Klukiaceae" +"Nathorstianaceae" +"Tingiaceae" +"Cyclostigmataceae" +"Moresnetiaceae" +"Diplotegiaceae" +"Eurystomataceae" +"Eospermataceae" +"Atasudendraceae" +"Omphalophloiaceae" +"Uronemataceae" +"Flacourtiaceae" +"Yarraviaceae" +"Westersheimiaceae" +"Hyeniaceae" +"Diploxylaceae" +"Williamsoniellaceae" +"Tetrastichiaceae" +"Acrostichopteridaceae" +"Hamatophytaceae" +"Discinitaceae" +"Manchurostachyaceae" +"Orthogonacladiaceae" +"Crebradomaceae" +"Lidgettoniaceae" +"Atractophoraceae" +"Pylaisiaceae" +"Acrothesauraceae" +"Flexitrichaceae" +"Lithothamniaceae" +"Rhodochortonaceae" +"Cheirocladaceae" +"Audouinellaceae" +"Kaplanopteridaceae" +"Hydrolithaceae" +"Etheliaceae" +"Spongitaceae" +"Schimmelmanniaceae" +"Sarcinofilaceae" +"Ignatiaceae" +"Porolithaceae" +"Mastoporaceae" +"Lithophyllaceae" +"Miroviaceae" +"Corynodactylaceae" +"Saelaniaceae" +"Namaceae" +"Umaltolepidaceae" +"Psygmophyllaceae" +"Elianellaceae" +"Montsechiaceae" +"Aongstroemiaceae" +"Pasceolaceae" +"Barrancaceae" +"Heterocladiellaceae" +"Chuariaceae" +"Dicranellaceae" +"Jocheniaceae" +"Peltantheraceae" +"Endogemmaceae" +"Mastophoraceae" +"Eoholyniaceae" +"Stereodontaceae" +"Kraftionemaceae" +"Mesophyllumaceae" +"Sepotortellaceae" +"Gloeothilaceae" +"Apidiaceae" +"Wightiaceae" +"Pseudoleskeellaceae" +"Tawuiaceae" +"Amphidiaceae" +"Imeniaceae" +"Hymenolomataceae" +"Beltinaceae" +"Tiganophytaceae" +"Amphispongiaceae" +"Habrodontaceae" +"Antitrichiaceae" +"Moraniaceae" +"Rhodelphidae" +"Longfengshaniaceae" +"Taxiphyllaceae" +"Vendotaeniaceae" +"Micromitriaceae" +"Pseudoleskeaceae" +"Orthostichellaceae" +"Ellipsophysaceae" +"Callicladiaceae" +"Rhizofabroniaceae" +"Ottiaceae" +"Coelosphaeridiaceae" +"Grypaniaceae" +"Receptaculitaceae" +"Pteleocarpaceae" +"Cyclocrinaceae" +"Cyrtopoaceae" +"Pteridryaceae" +"Coldeniaceae" +"Polypremaceae" +"Lycopodiellaceae" +"Xanthocerataceae" +"Taxineae" +"Bornetellaceae" +"Afrothismiaceae" +"Rhytismatales" +"Agaricomycetidae" +"Vetlugospermaceae" +"Toretziaceae" +"Wislouchiaceae" +"Apocalamitaceae" +"Palaeocharaceae" +"Glossophyllaceae" +"Gayoides" +"Salvinaceae" +"Matatiellaceae" +"Thyrsoporellaceae" +"Marsupiomonadaceae" +"Sparrmanniaceae" +"Palaoaplysinaceae" +"Dothideomycetes" +"Katavellaceae" +"Corallinophycidae" +"Pseudomoellerinaceae" +"Lecanoromycetidae" +"Pityeae" +"Marchantiidae" +"Mystropetlaceae" +"Eronemataceae" +"Planophilaceae" +"Hydropteraceae" +"Cyanidioschyzonaceae" +"Chrysoblastellaceae" +"Yamadaellaceae" +"Binucleariaceae" +"Corallinapetraceae" +"Umbellinaceae" +"Patokaeaceae" +"Drupaceae" +"Pirolaceae" +"Pseudomoerckiaceae" +"Tupiellaceae" +"Tricostaceae" +"Physostomataceae" +"Knezourocarponaceae" +"Donezellaceae" +"Flatbergiaceae" +"Fasciellaceae" +"Issinellaceae" +"Hydrocaryaceae" +"Spirogloeaceae" +"Placentophoraceae" +"Liagoropsidaceae" +"Pomaceae" +"Brachytheiaceae" +"Prasinodermataceae" +"Anthracoporellopsidaceae" +"Acrocladiaceae" +"Labyrinthoconaceae" +"Hazeniaceae" +"Moravamminaceae" +"Stacheiaceae" +"Obtusifoliaceae" +"Claracrustaceae" +"Archyfasmaceae" +"Fritschiellaceae" +"Ampelidaceae" +"Gracilariopsideae" +"Atopocharaceae" +"Pachythamnion" +"Hydropogonellaceae" +"Geinitziaceae" +"Cyclocrinitaceae" +"Muscitaceae" +"Bryowijkiaceae" +"Anchicodiaceae" +"Bogutchanthaceae" +"Vermiporellaceae" +"Kasicarpaceae" +"Lithothamniacae" +"Spongitidaceae" +"Uralitaceae" +"Fraxinopsidaceae" +"Sykidiacaeae" +"Dordrechtitaceae" +"Pseudobryopsidaceae" +"Ischaditaceae" +"Cuneiphycaceae" +"Angaropeltaceae" +"Skujapeltaceae" +"Amsassiaceae" +"Sinoherbaceae" +"Watanabeaceae" +"Protoephedraceae" +"Asphaltinaceae" +"Hlatimbiaceae" +"Sarbaicarpaceae" +"Rhabdodontiaceae" +"Miyabeaceae" +"Hamshawviaceae" +"Avatiaceae" +"Alexiaceae" +"Nephrocytiaceae" +"Pterocladiophyllaceae" +"Clavicloniaceae" +"Lindthecaceae" diff --git a/data-raw/iucn_taxonomy.R b/data-raw/iucn_taxonomy.R index 3909edd..b154d59 100644 --- a/data-raw/iucn_taxonomy.R +++ b/data-raw/iucn_taxonomy.R @@ -15,53 +15,78 @@ library(rWCVPdata) # read in the latest index fungorum families list # read in the latest Red List taxonomy version for Kingdom = Fungi (via API?) - -#### PLANTS #### - -# get the full WCVP checklist -all_wcvp <- rWCVP::wcvp_checklist() - -# pull just the families -wcvp_fams <- data.frame(family_name = unique(all_wcvp$family)) -wcvp_fams$familyName = toupper(wcvp_fams$family_name) - -wcvp_version <- rWCVPdata::wcvp_version() - -# get the iucn plants taxonomy latest +########## +# new method - matching to GBIF families +########## +gbif_plantae_families <- read_csv("data-raw/gbif_plantae_families.csv") +gbif_fungi_families <- read_csv("data-raw/gbif_fungi_families.csv") taxonomy_plants_2023_1 <- read.csv("data-raw/taxonomy_plants_2023_1.csv") +taxonomy_fungi_2023_1 <- read_csv("data-raw/taxonomy_fungi_2023_1.csv") -rl_fams <- taxonomy_plants_2023_1 %>% - dplyr::select(kingdomName, phylumName, className, orderName, familyName) %>% - dplyr::filter(phylumName == "TRACHEOPHYTA") %>% - dplyr::distinct(familyName, .keep_all = TRUE) - -# join to compare -joined <- dplyr::left_join(wcvp_fams,rl_fams, by = "familyName") - -# check for any that don't match - manually sort these out - might need export/import -joined_nomatch <- joined %>% dplyr::filter(is.na(kingdomName)) +# bind plants and fungi and convert to upper case for match later +gbif_tax <- dplyr::bind_rows(gbif_plantae_families, gbif_fungi_families) +gbif_tax$family = toupper(gbif_tax$family) -write.csv(joined, "joined.csv", row.names = FALSE, na="") -joined_clean <- read.csv("data-raw/joined.csv") -joined_clean <- joined_clean %>% rename_at('family_name', ~'family') - -# add versions - -iucn_taxonomy <- joined_clean - -#### FUNGI #### -taxonomy_fungi_2023_1 <- read.csv("data-raw/taxonomy_fungi_2023_1.csv") - -rl_fung_fams <- taxonomy_fungi_2023_1 %>% +# summarise rl tax table - unique values +rl_tax <- dplyr::bind_rows(taxonomy_plants_2023_1, taxonomy_fungi_2023_1) %>% dplyr::select(kingdomName, phylumName, className, orderName, familyName) %>% - dplyr::filter(kingdomName == "FUNGI") %>% - dplyr::distinct(familyName, .keep_all = TRUE) + dplyr::distinct() -rl_fung_fams$family <- rl_fung_fams$familyName - -iucn_taxonomy <- dplyr::bind_rows(iucn_taxonomy, rl_fung_fams) +# join rl tax to gbif for exact match +iucn_taxonomy <- dplyr::left_join(gbif_tax, rl_tax, by = c("family" = "familyName")) iucn_taxonomy$family <- stringr::str_to_title(iucn_taxonomy$family) +iucn_taxonomy <- iucn_taxonomy %>% dplyr::rename("kingdom" = "kingdomName", + "phylum" = "phylumName", + "classname" = "className", + "ordername" = "orderName") # finally create the IUCN taxonmy file - it will save as rds. in /data folder usethis::use_data(iucn_taxonomy, overwrite = TRUE) devtools::document() + +# #### PLANTS #### +# +# # get the full WCVP checklist +# all_wcvp <- rWCVP::wcvp_checklist() +# +# # pull just the families +# wcvp_fams <- data.frame(family_name = unique(all_wcvp$family)) +# wcvp_fams$familyName = toupper(wcvp_fams$family_name) +# +# wcvp_version <- rWCVPdata::wcvp_version() +# +# # get the iucn plants taxonomy latest +# taxonomy_plants_2023_1 <- read.csv("data-raw/taxonomy_plants_2023_1.csv") +# +# rl_fams <- taxonomy_plants_2023_1 %>% +# dplyr::select(kingdomName, phylumName, className, orderName, familyName) %>% +# dplyr::filter(phylumName == "TRACHEOPHYTA") %>% +# dplyr::distinct(familyName, .keep_all = TRUE) +# +# # join to compare +# joined <- dplyr::left_join(wcvp_fams,rl_fams, by = "familyName") +# +# # check for any that don't match - manually sort these out - might need export/import +# joined_nomatch <- joined %>% dplyr::filter(is.na(kingdomName)) +# +# write.csv(joined, "joined.csv", row.names = FALSE, na="") +# joined_clean <- read.csv("data-raw/joined.csv") +# joined_clean <- joined_clean %>% rename_at('family_name', ~'family') +# +# # add versions +# +# iucn_taxonomy <- joined_clean +# +# #### FUNGI #### +# taxonomy_fungi_2023_1 <- read.csv("data-raw/taxonomy_fungi_2023_1.csv") +# +# rl_fung_fams <- taxonomy_fungi_2023_1 %>% +# dplyr::select(kingdomName, phylumName, className, orderName, familyName) %>% +# dplyr::filter(kingdomName == "FUNGI") %>% +# dplyr::distinct(familyName, .keep_all = TRUE) +# +# rl_fung_fams$family <- rl_fung_fams$familyName +# +# iucn_taxonomy <- dplyr::bind_rows(iucn_taxonomy, rl_fung_fams) +# iucn_taxonomy$family <- stringr::str_to_title(iucn_taxonomy$family) + diff --git a/data-raw/testing.R b/data-raw/testing.R index 629b9a2..25b940d 100644 --- a/data-raw/testing.R +++ b/data-raw/testing.R @@ -7,10 +7,10 @@ devtools::load_all() devtools::check() ######################## - library(readr) library(dplyr) library(LCr) +library(rgbif) first_name <- "Steven" second_name <- "Bachman" @@ -22,8 +22,20 @@ lc_species <- data.frame(sp = c( #"Suaeda tampicensis", #"Celosia nitida" - "Russula amethystina", - "Lactarius decipiens" + #"Russula amethystina", + #"Lactarius decipiens", + # "Asplenium longissimum Blume", + # "Asplenium macrophyllum Sw.", + # "Asplenium nidus L.", + # "Boerhavia repens L.", + # "Canavalia cathartica Thouars", + # "Cassytha filiformis L.", + # "Dactyloctenium ctenoides (Steud.) Bosser", + # "Euphorbia stoddartii Fosberg", + # "Ipomoea violacea L.", + # "Lagrezia micrantha (Bak.)Schinz.", + # "Lepturus repens G.Forst.) R.Br." + "lntsia bijuga Colebr.) Kuntze" )) print(lc_species) @@ -37,6 +49,10 @@ lc_keys <- kingdom = "fungi" ) +lc_keys + +test_taxonomy <- sis_taxonomy(lc_keys$GBIF_usageKey, family = lc_keys$GBIF_family) + # ########################### # # get the GBIF occurrences # lc_occs <- get_gbif_occs(lc_keys) diff --git a/data/iucn_taxonomy.rda b/data/iucn_taxonomy.rda index 1345d23..63eeca8 100644 Binary files a/data/iucn_taxonomy.rda and b/data/iucn_taxonomy.rda differ diff --git a/man/get_name_keys.Rd b/man/get_name_keys.Rd index d54c03a..4a8bfcf 100644 --- a/man/get_name_keys.Rd +++ b/man/get_name_keys.Rd @@ -7,7 +7,7 @@ get_name_keys( df, name_column, - tax_status = "accepted", + tax_status = "any", match = "single", kingdom = "plantae" ) diff --git a/man/make_sis_csvs.Rd b/man/make_sis_csvs.Rd index 38dfec5..0c07f7c 100644 --- a/man/make_sis_csvs.Rd +++ b/man/make_sis_csvs.Rd @@ -11,8 +11,12 @@ make_sis_csvs( second_name, email, institution, - gbif_ref, + gbif_ref = NULL, native_ranges, + family, + genus, + species, + taxonomicAuthority, kingdom = "plantae", powo_ref = FALSE ) diff --git a/man/name_search_gbif.Rd b/man/name_search_gbif.Rd deleted file mode 100644 index 7eb64dd..0000000 --- a/man/name_search_gbif.Rd +++ /dev/null @@ -1,36 +0,0 @@ -% Generated by roxygen2: do not edit by hand -% Please edit documentation in R/name_search_gbif.R -\name{name_search_gbif} -\alias{name_search_gbif} -\title{Query taxon name against GBIF backbone} -\usage{ -name_search_gbif( - name, - species_rank = TRUE, - match = "single", - gbif_tax_stat = "any" -) -} -\arguments{ -\item{name}{(character) A taxon name} - -\item{species_rank}{(character) Default TRUE returns matches at species -level, otherwise FALSE returns any taxonomic rank} - -\item{match}{(character) Controls the output of the search. Use `single` to -force a single match result that has the highest confidence or `any` to return -all possible matches sorted in order of confidence} - -\item{gbif_tax_stat}{(character) Default `any` provides all taxonomic -matches, otherwise `accepted` returns only accepted names according to GBIF} -} -\value{ -Returns a data frame with initial search term and matching name(s) -} -\description{ -Queries a taxon name against the GBIF names backbone. Simple wrapper around -the rgbif `name_backbone_verbose` function. -} -\examples{ -name_search_gbif("Poa annua L.") -} diff --git a/man/sis_references.Rd b/man/sis_references.Rd index e8b377f..8c45728 100644 --- a/man/sis_references.Rd +++ b/man/sis_references.Rd @@ -4,7 +4,7 @@ \alias{sis_references} \title{Generate the references.csv file} \usage{ -sis_references(unique_id, gbif_ref, powo_ref) +sis_references(unique_id, gbif_ref = NULL, powo_ref = NULL) } \arguments{ \item{unique_id}{(character) Unique identifier.} diff --git a/man/sis_taxonomy.Rd b/man/sis_taxonomy.Rd index 3fb59f6..0c4eb48 100644 --- a/man/sis_taxonomy.Rd +++ b/man/sis_taxonomy.Rd @@ -4,7 +4,7 @@ \alias{sis_taxonomy} \title{Generate the taxonomy.csv file} \usage{ -sis_taxonomy(unique_id, wcvp_ipni_id) +sis_taxonomy(unique_id, family, genus, species, taxonomicAuthority) } \arguments{ \item{unique_id}{(character) Unique identifier.}