-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathterminalphos.LJbb-RNA.json
30 lines (30 loc) · 2.06 KB
/
terminalphos.LJbb-RNA.json
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
{
"ambiguous": {
"AMP": ["AMP"],
"CMP": ["CMP"],
"GMP": ["GMP"],
"UMP": ["UMP"]
},
"residue_templates": {
"AMP": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]([N]([H])[H])[N]=[C]([H])[N]=[C]32)[O][C]([H])([C]([H])([H])[O][P](=[O])([O-])[O][H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"CMP": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([N]2[C](=[O])[N]=[C]([N]([H])[H])[C]([H])=[C]2[H])[O][C]([H])([C]([H])([H])[O][P](=[O])([O-])[O][H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"GMP": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]2[N]=[C]([N]([H])[H])[N]([H])[C]3=[O])[O][C]([H])([C]([H])([H])[O][P](=[O])([O-])[O][H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"UMP": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([N]2[C](=[O])[N]([H])[C](=[O])[C]([H])=[C]2[H])[O][C]([H])([C]([H])([H])[O][P](=[O])([O-])[O][H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "OP3", "HP3", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
}
}
}