-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathstandard_NA_templates.json
174 lines (174 loc) · 14 KB
/
standard_NA_templates.json
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
{
"ambiguous": {
"A": ["A", "A3", "A5p", "A5"],
"U": ["U", "U3", "U5p", "U5"],
"C": ["C", "C3", "C5p", "C5"],
"G": ["G", "G3", "G5p", "G5"],
"DA": ["DA", "DA3", "DA5p", "DA5"],
"DT": ["DT", "DT3", "DT5p", "DT5"],
"DC": ["DC", "DC3", "DC5p", "DC5"],
"DG": ["DG", "DG3", "DG5p", "DG5"]
},
"residue_templates": {
"A": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"27": "5-prime", "32": "3-prime"}
},
"A3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {"27": "5-prime"}
},
"A5p": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"33": "3-prime"}
},
"A5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
"atom_name": ["H63", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"30": "3-prime"}
},
"U": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"24": "5-prime", "29": "3-prime"}
},
"U3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {"24": "5-prime"}
},
"U5p": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"30": "3-prime"}
},
"U5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
"atom_name": ["H7", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"27": "3-prime"}
},
"C": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"25": "5-prime", "30": "3-prime"}
},
"C3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {"25": "5-prime"}
},
"C5p": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"31": "3-prime"}
},
"C5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O",
"atom_name": ["H43", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"28": "3-prime"}
},
"G": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"28": "5-prime", "33": "3-prime"}
},
"G3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {"28": "5-prime"}
},
"G5p": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C1([H])O",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"34": "3-prime"}
},
"G5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])(O[H])C1([H])O",
"atom_name": ["H23", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"31": "3-prime"}
},
"DA": {
"smiles": "[H]C1=NC2=C(N=C([H])N2C2([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C([H])(O)C2([H])[H])C(N([H])[H])=N1",
"atom_name": ["H2", "C2", "N3", "C4", "C5", "N7", "C8", "H8", "N9", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1"],
"link_labels": {"18": "5-prime", "23": "3-prime"}
},
"DA3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC1([H])C([H])([H])OP(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {"30": "5-prime"}
},
"DA5p": {
"smiles": "[H]C1=NC2=C(N=C([H])N2C2([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C([H])(O)C2([H])[H])C(N([H])[H])=N1",
"atom_name": ["H2", "C2", "N3", "C4", "C5", "N7", "C8", "H8", "N9", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1"],
"link_labels": {"24": "3-prime"}
},
"DA5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])C([H])([H])C1([H])O",
"atom_name": ["H63", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"29": "3-prime"}
},
"DT": {
"smiles": "[H]C1=C(C([H])([H])[H])C(=O)N([H])C(=O)N1C1([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C([H])(O)C1([H])[H]",
"atom_name": ["H6", "C6", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C4", "O4", "N3", "H3", "C2", "O2", "N1", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''"],
"link_labels": {"23": "5-prime", "28": "3-prime"}
},
"DT3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C(C([H])([H])[H])=C2[H])OC1([H])C([H])([H])OP(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {"30": "5-prime"}
},
"DT5p": {
"smiles": "[H]C1=C(C([H])([H])[H])C(=O)N([H])C(=O)N1C1([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C([H])(O)C1([H])[H]",
"atom_name": ["H6", "C6", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C4", "O4", "N3", "H3", "C2", "O2", "N1", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''"],
"link_labels": {"29": "3-prime"}
},
"DT5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C(C([H])([H])[H])=C2[H])C([H])([H])C1([H])O",
"atom_name": ["H74", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"29": "3-prime"}
},
"DC": {
"smiles": "[H]C1=C([H])N(C2([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C([H])(O)C2([H])[H])C(=O)N=C1N([H])[H]",
"atom_name": ["H5", "C5", "C6", "H6", "N1", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42"],
"link_labels": {"14": "5-prime", "19": "3-prime"}
},
"DC3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC1([H])C([H])([H])OP(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {"28": "5-prime"}
},
"DC5p": {
"smiles": "[H]C1=C([H])N(C2([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C([H])(O)C2([H])[H])C(=O)N=C1N([H])[H]",
"atom_name": ["H5", "C5", "C6", "H6", "N1", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42"],
"link_labels": {"20": "3-prime"}
},
"DC5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])([H])C1([H])O",
"atom_name": ["H43", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"27": "3-prime"}
},
"DG": {
"smiles": "[H]C1=NC2=C(N=C(N([H])[H])N([H])C2=O)N1C1([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)[O-])C([H])(O)C1([H])[H]",
"atom_name": ["H8", "C8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "N9", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''"],
"link_labels": {"24": "5-prime", "29": "3-prime"}
},
"DG3": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC1([H])C([H])([H])OP(=O)[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {"31": "5-prime"}
},
"DG5p": {
"smiles": "[H]C1=NC2=C(N=C(N([H])[H])N([H])C2=O)N1C1([H])OC([H])(C([H])([H])OP(=O)([O-])[O-])C([H])(O)C1([H])[H]",
"atom_name": ["H8", "C8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "N9", "C1'", "H1'", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "OP1", "OP3", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "C2'", "H2'", "H2''"],
"link_labels": {"30": "3-prime"}
},
"DG5": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])([H])C1([H])O",
"atom_name": ["H23", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'"],
"link_labels": {"30": "3-prime"}
}
}
}