-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathRNA.embedded.json
108 lines (108 loc) · 7.18 KB
/
RNA.embedded.json
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
{
"ambiguous": {
"A": ["A_"],
"A3": ["A3_"],
"A5": ["A5_"],
"AN": ["AN_"],
"C": ["C_"],
"C3": ["C3_"],
"C5": ["C5_"],
"CN": ["CN_"],
"G": ["G_"],
"G3": ["G3_"],
"G5": ["G5_"],
"GN": ["GN_"],
"OHE": ["OHE_"],
"U": ["U_"],
"U3": ["U3_"],
"U5": ["U5_"],
"UN": ["UN_"]
},
"residue_templates": {
"A_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C(N([H])[H])N=C([H])N=C32)OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"A3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"A5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C([H])N=C3N([H])[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"AN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C(N([H])[H])N=C([H])N=C32)C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"C_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"C3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"C5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"CN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N=C(N([H])[H])C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"G_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"G3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"G5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"GN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C([H])=NC3=C2N=C(N([H])[H])N([H])C3=O)C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"OHE_": {
"smiles": "[H]O[H]",
"atom_name": ["HOP3", "OP3", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"U_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"U3_": {
"smiles": "[H]OC1([H])C([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])OC([H])(C([H])([H])OP([H])(=O)[O-])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO2'", "O2'", "C2'", "H2'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"U5_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"UN_": {
"smiles": "[H]OC([H])([H])C1([H])OC([H])(N2C(=O)N([H])C(=O)C([H])=C2[H])C([H])(O[H])C1([H])O[H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "O2'", "HO2'", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
}
}
}