-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathDNA.OL15.json
102 lines (102 loc) · 7.62 KB
/
DNA.OL15.json
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
{
"ambiguous": {
"DA": ["DA"],
"DA3": ["DA3"],
"DA5": ["DA5"],
"DAN": ["DAN"],
"DC": ["DC"],
"DC3": ["DC3"],
"DC5": ["DC5"],
"DCN": ["DCN"],
"DG": ["DG"],
"DG3": ["DG3"],
"DG5": ["DG5"],
"DGN": ["DGN"],
"DT": ["DT"],
"DT3": ["DT3"],
"DT5": ["DT5"],
"DTN": ["DTN"]
},
"residue_templates": {
"DA": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]([N]([H])[H])[N]=[C]([H])[N]=[C]32)[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DA3": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]([N]([H])[H])[N]=[C]([H])[N]=[C]32)[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DA5": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]2[N]=[C]([H])[N]=[C]3[N]([H])[H])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "H2", "N1", "C6", "N6", "H61", "H62", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DAN": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]([N]([H])[H])[N]=[C]([H])[N]=[C]32)[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C6", "N6", "H61", "H62", "N1", "C2", "H2", "N3", "C4", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"DC": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C](=[O])[N]=[C]([N]([H])[H])[C]([H])=[C]2[H])[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DC3": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C](=[O])[N]=[C]([N]([H])[H])[C]([H])=[C]2[H])[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DC5": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C](=[O])[N]=[C]([N]([H])[H])[C]([H])=[C]2[H])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DCN": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C](=[O])[N]=[C]([N]([H])[H])[C]([H])=[C]2[H])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "H41", "H42", "C5", "H5", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"DG": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]2[N]=[C]([N]([H])[H])[N]([H])[C]3=[O])[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DG3": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]2[N]=[C]([N]([H])[H])[N]([H])[C]3=[O])[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DG5": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]2[N]=[C]([N]([H])[H])[N]([H])[C]3=[O])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DGN": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C]([H])=[N][C]3=[C]2[N]=[C]([N]([H])[H])[N]([H])[C]3=[O])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N9", "C8", "H8", "N7", "C5", "C4", "N3", "C2", "N2", "H21", "H22", "N1", "H1", "C6", "O6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
},
"DT": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C](=[O])[N]([H])[C](=[O])[C]([C]([H])([H])[H])=[C]2[H])[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["H_t", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DT3": {
"smiles": "[H][O][C]1([H])[C]([H])([H])[C]([H])([N]2[C](=[O])[N]([H])[C](=[O])[C]([C]([H])([H])[H])=[C]2[H])[O][C]1([H])[C]([H])([H])[O][P]([H])(=[O])[O-]",
"atom_name": ["HO3'", "O3'", "C3'", "H3'", "C2'", "H2'", "H2''", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "O4'", "C4'", "H4'", "C5'", "H5'", "H5''", "O5'", "P", "H_h", "OP1", "OP2"],
"link_labels": {}
},
"DT5": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C](=[O])[N]([H])[C](=[O])[C]([C]([H])([H])[H])=[C]2[H])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "H_t"],
"link_labels": {}
},
"DTN": {
"smiles": "[H][O][C]([H])([H])[C]1([H])[O][C]([H])([N]2[C](=[O])[N]([H])[C](=[O])[C]([C]([H])([H])[H])=[C]2[H])[C]([H])([H])[C]1([H])[O][H]",
"atom_name": ["HO5'", "O5'", "C5'", "H5'", "H5''", "C4'", "H4'", "O4'", "C1'", "H1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "H3", "C4", "O4", "C5", "C7", "H71", "H72", "H73", "C6", "H6", "C2'", "H2'", "H2''", "C3'", "H3'", "O3'", "HO3'"],
"link_labels": {}
}
}
}