diff --git a/.gitignore b/.gitignore new file mode 100644 index 0000000..50cc39b --- /dev/null +++ b/.gitignore @@ -0,0 +1 @@ +annotations/* diff --git a/README.md b/README.md index 9d22eff..5d4e74c 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -1,6 +1,6 @@ # nanocrop -This is a helper repository supporting a toolchain used for real-time monitoring of sequencing runs. The toolchain consists of [deepnano-blitz](https://github.com/fmfi-compbio/deepnano-blitz) basecaller used for MinKnow-compatible `.fastq` files production and [RAMPART](https://artic.network/rampart) for sequencing runs analysis. The repository contains RAMPART protocol and configuration for SARS-CoV-2 virus sequencing as well as some helper scripts. RAMPART protocol is slightly adjusted version of the one located [here](https://github.com/artic-network/artic-ncov2019), although another primer scheme using 2000bp long amplicons is provided in nanocrop and available for use. +This is a helper repository supporting a toolchain used for real-time monitoring of sequencing runs. The toolchain consists of [deepnano-blitz](https://github.com/fmfi-compbio/deepnano-blitz) basecaller used for MinKnow-compatible `.fastq` files production and [RAMPART](https://artic.network/rampart) for sequencing runs analysis. The repository contains RAMPART protocol and configuration for SARS-CoV-2 virus sequencing as well as some helper scripts. RAMPART protocol is slightly adjusted version of the one located [here](https://github.com/artic-network/artic-ncov2019), although other primer schemes using 2000bp long amplicons and 2500bp long amplicons are provided in nanocrop and available for use. ## Toolchain installation @@ -28,26 +28,25 @@ Web browser needs to be installed on workstation performing RAMPART analysis. ## Toolchain execution -Toolchain will use `basecall_continuous_reads.sh` script to watch a designated input folder for `.fast5` files being continuously created during sequencing run. For every `.fast5` file `deepnano-blitz` basecaller is invoked. Basecaller parameters in the script are fixed and set rather for short basecalling times than output accuracy. Please adjust basecaller parameters in the script manually according to your needs. Basecaller output is stored in `output folder`, which should be also an input folder for RAMPART pipeline. This is by default `rampart/SARS-CoV-2/data/fastq/pass/`. RAMPART will watch input folder configured for its pipeline and process `.fastq` files as they are created. Using its configuration and protocol RAMPART will demultiplex obtained reads and align them to the reference sequence provided. Thus monitoring current results of sequencing run such as reference genome coverage in real time. +Toolchain will watch a designated input folder for `fast5` files being continuously created during sequencing run. For every `fast5` file `deepnano-blitz` basecaller is invoked. If more than one `fast5` file is created while basecaller was busy, next batch composed of those files will be processed in parallel assuming more than one CPU core is enabled for basecalling in configuration. Basecaller output is stored in `output folder`, which should be an input folder for the RAMPART pipeline at the same time. This is by default `rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-400bp/data/fastq/pass/`. RAMPART will watch input folder configured for its pipeline and process any `fastq` files as they are created. Using its configuration and protocol RAMPART will demultiplex obtained reads and align them to the reference sequence provided. Thus monitoring current results of sequencing run such as reference genome coverage per barcoded sample in real time. -Start the basecaller watchdog: +General toolchain parameters and basecaller parameters are specified in configuration file. Default configuration is stored in `config/run_configuration.cfg`. Rampart configuration is performed via its protocol and run configuration both found in rampart directory containing separate configuration per experiment. + +Initialize the toolchain: ``` cd -conda activate deepnano-blitz -./basecall_continuous_reads rampart/SARS-CoV-2/data/fastq/pass/ +conda activate nanocrop +./scripts/monitor-start.sh config/run_configuration.cfg ``` -Start RAMPART analysis in new terminal window: +`monitor-start.sh` initializer starts the toolchain components in background and returns. To terminate the toolchain once experiment is over, run: ``` -cd /rampart/SARS-CoV-2/data/ - -conda activate artic-rampart -rampart --protocol ../protocol/ +scripts/monitor-stop.sh ``` -RAMPART graphical output is available at `http://localhost:3000`. +Visualization of sequencing-run monitoring is done by RAMPART graphical output and available at `http://localhost:3000`. -Now the toolchain is prepared for the sequencing run. \ No newline at end of file +Report issues at ``. diff --git a/basecall_continuous_reads.sh b/basecall_continuous_reads.sh deleted file mode 100755 index a9d3997..0000000 --- a/basecall_continuous_reads.sh +++ /dev/null @@ -1,26 +0,0 @@ -#/bin/bash - -if [ "$1" == "-h" ] || [ $# -ne 2 ] -then -cat << EOF - -Simple directory watchdog. Triggers deepnano-blitz basecaller when new .fast5 batch file is available. - -Usage: basecall_continuous_reads [-h] [INPUT_DIRECTORY] [OUTPUT_DIRECTORY] - -INPUT_DIRECTORY Directory being watched for .fast5 files creation. -OUTPUT_DIRECTORY Output directory for basecalled reads. - -Basecaller configuration: -Script does not implement any basecaller configuration. Please edit its parameters manually. - -EOF -exit -fi - -inotifywait -qme create,moved_to $1 --format "%f" | grep '.fast5$' --line-buffered | - while read filename; do - filename=`echo $filename | cut -d '.' -f1` - deepnano2_caller.py --output $2/$filename.fastq.tmp --reads $1/$filename.fast5 --output-format fastq --network-type 48 --beam-size 5 - mv $2/$filename.fastq.tmp $2/$filename.fastq - done diff --git a/config/run_configuration.cfg b/config/run_configuration.cfg new file mode 100644 index 0000000..1c7c4a5 --- /dev/null +++ b/config/run_configuration.cfg @@ -0,0 +1,55 @@ +######################### +# GENERAL CONFIGURATION # +######################### +# +# This is a central configuration of sequencing-run monitoring. +# It provides a way to specify general parameters and basecaller parameters. +# In order to configure RAMPART monitoring pipeline, please refer to +# SARS-CoV-2 protocol and run configuration. +# +# Absolute path to directory containing MinKnow sequencing runs +seq_dir=/var/lib/minknow/data/ + +# Absolute path to basecaller input directory being watched for .fast5 files to be processed. +# If not set, input directory will be determined automatically during initialization. +input_dir= + +# Absolute path to basecaller output directory; +# (will be a RAMPART pipeline input directory at the same time). +output_dir= + +# Relative path to directory containing RAMPART protocols +protocol_dir=../rampart/SARS-CoV-2/ + +# Relative path to RAMPART protocol configuration directory. +# If not set, user will be prompted with options during monitoring setup. +# Selected directory should contain 'run/' folder with RAMPART run_configuration.json +# and 'protocol' folder with RAMPART protocol. +protocol_conf_dir= + +# Relative path to RAMPART annotations. RAMPART annotations are by default stored +# in 'annotations/' folder and are cleared before every RAMPART analysis. +# Annotations can be stored and used to display sequencing stats of a particular run +# without any computation necessary on the RAMPART side. +annotations_dir= + +############################ +# BASECALLER CONFIGURATION # +############################ +# +# Number of CPU cores available for basecalling +cpu_cores=1 + +# The size of RNN model used for raw signal classification {48,56,64,80,96,256} +# Select small size for high speed and acceptable precision; maximum size for +# best precision but significantly reduced speed +network_type=48 + +# Default is 5 for network sizes {48,56,64,80,96} and 20 for network size {256} +beam_size=5 + +# Default is 0.1 for network sizes {48,56,64,80,96} and 0.0001 for network size {256} +beam_cut_threshold=0.1 + +# RAMPART pipeline can process both "fasta" and "fastq" formats +output_format="fastq" diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/protocol/genome.json b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/genome.json similarity index 100% rename from rampart/SARS-CoV-2/protocol/genome.json rename to rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/genome.json diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/primers.json b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/primers.json new file mode 100644 index 0000000..2814d2a --- /dev/null +++ b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/primers.json @@ -0,0 +1,22 @@ +{ + "name": "SARS-CoV-2 primer scheme 2000bp", + "amplicons": [ + [30, 2079], + [1925, 3737], + [3580, 5548], + [5394, 7255], + [7092, 9123], + [8976, 10837], + [10676, 12679], + [12519, 14328], + [14176, 15978], + [15827, 17754], + [17571, 19485], + [19310, 21241], + [21075, 22996], + [22850, 24812], + [24649, 26542], + [26386, 28351], + [27914, 29790] + ] +} diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/protocol/protocol.json b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/protocol.json similarity index 100% rename from rampart/SARS-CoV-2/protocol/protocol.json rename to rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/protocol.json diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/protocol/references.fasta b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/references.fasta similarity index 100% rename from rampart/SARS-CoV-2/protocol/references.fasta rename to rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/protocol/references.fasta diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/data/run_configuration.json b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/run/run_configuration.json similarity index 69% rename from rampart/SARS-CoV-2/data/run_configuration.json rename to rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/run/run_configuration.json index 02471a3..6d5bfcd 100644 --- a/rampart/SARS-CoV-2/data/run_configuration.json +++ b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2000bp/run/run_configuration.json @@ -1,6 +1,5 @@ { - "title": "SARS-CoV-2 Sequencing Run", - "basecalledPath": "fastq/pass", + "title": "SARS-CoV-2 Sequencing Run 2000bp", "simulateRealTime": true, "clearAnnotated": true, "displayOptions": { diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2500bp/protocol/genome.json b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2500bp/protocol/genome.json new file mode 100644 index 0000000..479f339 --- /dev/null +++ b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-2500bp/protocol/genome.json @@ -0,0 +1,46 @@ +{ + "label": "SARS-CoV-2", + "length": 29903, + "genes": { + "ORF1ab": { + "start": 266, + "end": 21555, + "strand": 1 + }, + "S": { + "start": 21563, + "end": 25384, + "strand": 1 + }, + "ORF3a": { + "start": 25393, + "end": 26220, + "strand": 1 + }, + "E": { + "start": 26245, + "end": 26472, + "strand": 1 + }, + "M": { + "start": 26523, + "end": 27191, + "strand": 1 + }, + "N": { + "start": 28274, + "end": 29533, + "strand": 1 + }, + "ORF10": { + "start": 29558, + "end": 29674, + "strand": 1 + } + }, + "reference": { + "label": "SARS-CoV-2", + "accession": "MN908947.3", + "sequence": "attaaaggtttataccttcccaggtaacaaaccaaccaactttcgatctcttgtagatctgttctctaaacgaactttaaaatctgtgtggctgtcactcggctgcatgcttagtgcactcacgcagtataattaataactaattactgtcgttgacaggacacgagtaactcgtctatcttctgcaggctgcttacggtttcgtccgtgttgcagccgatcatcagcacatctaggtttcgtccgggtgtgaccgaaaggtaagatggagagccttgtccctggtttcaacgagaaaacacacgtccaactcagtttgcctgttttacaggttcgcgacgtgctcgtacgtggctttggagactccgtggaggaggtcttatcagaggcacgtcaacatcttaaagatggcacttgtggcttagtagaagttgaaaaaggcgttttgcctcaacttgaacagccctatgtgttcatcaaacgttcggatgctcgaactgcacctcatggtcatgttatggttgagctggtagcagaactcgaaggcattcagtacggtcgtagtggtgagacacttggtgtccttgtccctcatgtgggcgaaataccagtggcttaccgcaaggttcttcttcgtaagaacggtaataaaggagctggtggccatagttacggcgccgatctaaagtcatttgacttaggcgacgagcttggcactgatccttatgaagattttcaagaaaactggaacactaaacatagcagtggtgttacccgtgaactcatgcgtgagcttaacggaggggcatacactcgctatgtcgataacaacttctgtggccctgatggctaccctcttgagtgcattaaagaccttctagcacgtgctggtaaagcttcatgcactttgtccgaacaactggactttattgacactaagaggggtgtatactgctgccgtgaacatgagcatgaaattgcttggtacacggaacgttctgaaaagagctatgaattgcagacaccttttgaaattaaattggcaaagaaatttgacaccttcaatggggaatgtccaaattttgtatttcccttaaattccataatcaagactattcaaccaagggttgaaaagaaaaagcttgatggctttatgggtagaattcgatctgtctatccagttgcgtcaccaaatgaatgcaaccaaatgtgcctttcaactctcatgaagtgtgatcattgtggtgaaacttcatggcagacgggcgattttgttaaagccacttgcgaattttgtggcactgagaatttgactaaagaaggtgccactacttgtggttacttaccccaaaatgctgttgttaaaatttattgtccagcatgtcacaattcagaagtaggacctgagcatagtcttgccgaataccataatgaatctggcttgaaaaccattcttcgtaagggtggtcgcactattgcctttggaggctgtgtgttctcttatgttggttgccataacaagtgtgcctattgggttccacgtgctagcgctaacataggttgtaaccatacaggtgttgttggagaaggttccgaaggtcttaatgacaaccttcttgaaatactccaaaaagagaaagtcaacatcaatattgttggtgactttaaacttaatgaagagatcgccattattttggcatctttttctgcttccacaagtgcttttgtggaaactgtgaaaggtttggattataaagcattcaaacaaattgttgaatcctgtggtaattttaaagttacaaaaggaaaagctaaaaaaggtgcctggaatattggtgaacagaaatcaatactgagtcctctttatgcatttgcatcagaggctgctcgtgttgtacgatcaattttctcccgcactcttgaaactgctcaaaattctgtgcgtgttttacagaaggccgctataacaatactagatggaatttcacagtattcactgagactcattgatgctatgatgttcacatctgatttggctactaacaatctagttgtaatggcctacattacaggtggtgttgttcagttgacttcgcagtggctaactaacatctttggcactgtttatgaaaaactcaaacccgtccttgattggcttgaagagaagtttaaggaaggtgtagagtttcttagagacggttgggaaattgttaaatttatctcaacctgtgcttgtgaaattgtcggtggacaaattgtcacctgtgcaaaggaaattaaggagagtgttcagacattctttaagcttgtaaataaatttttggctttgtgtgctgactctatcattattggtggagctaaacttaaagccttgaatttaggtgaaacatttgtcacgcactcaaagggattgtacagaaagtgtgttaaatccagagaagaaactggcctactcatgcctctaaaagccccaaaagaaattatcttcttagagggagaaacacttcccacagaagtgttaacagaggaagttgtcttgaaaactggtgatttacaaccattagaacaacctactagtgaagctgttgaagctccattggttggtacaccagtttgtattaacgggcttatgttgctcgaaatcaaagacacagaaaagtactgtgcccttgcacctaatatgatggtaacaaacaataccttcacactcaaaggcggtgcaccaacaaaggttacttttggtgatgacactgtgatagaagtgcaaggttacaagagtgtgaatatcacttttgaacttgatgaaaggattgataaagtacttaatgagaagtgctctgcctatacagttgaactcggtacagaagtaaatgagttcgcctgtgttgtggcagatgctgtcataaaaactttgcaaccagtatctgaattacttacaccactgggcattgatttagatgagtggagtatggctacatactacttatttgatgagtctggtgagtttaaattggcttcacatatgtattgttctttctaccctccagatgaggatgaagaagaaggtgattgtgaagaagaagagtttgagccatcaactcaatatgagtatggtactgaagatgattaccaaggtaaacctttggaatttggtgccacttctgctgctcttcaacctgaagaagagcaagaagaagattggttagatgatgatagtcaacaaactgttggtcaacaagacggcagtgaggacaatcagacaactactattcaaacaattgttgaggttcaacctcaattagagatggaacttacaccagttgttcagactattgaagtgaatagttttagtggttatttaaaacttactgacaatgtatacattaaaaatgcagacattgtggaagaagctaaaaaggtaaaaccaacagtggttgttaatgcagccaatgtttaccttaaacatggaggaggtgttgcaggagccttaaataaggctactaacaatgccatgcaagttgaatctgatgattacatagctactaatggaccacttaaagtgggtggtagttgtgttttaagcggacacaatcttgctaaacactgtcttcatgttgtcggcccaaatgttaacaaaggtgaagacattcaacttcttaagagtgcttatgaaaattttaatcagcacgaagttctacttgcaccattattatcagctggtatttttggtgctgaccctatacattctttaagagtttgtgtagatactgttcgcacaaatgtctacttagctgtctttgataaaaatctctatgacaaacttgtttcaagctttttggaaatgaagagtgaaaagcaagttgaacaaaagatcgctgagattcctaaagaggaagttaagccatttataactgaaagtaaaccttcagttgaacagagaaaacaagatgataagaaaatcaaagcttgtgttgaagaagttacaacaactctggaagaaactaagttcctcacagaaaacttgttactttatattgacattaatggcaatcttcatccagattctgccactcttgttagtgacattgacatcactttcttaaagaaagatgctccatatatagtgggtgatgttgttcaagagggtgttttaactgctgtggttatacctactaaaaaggctggtggcactactgaaatgctagcgaaagctttgagaaaagtgccaacagacaattatataaccacttacccgggtcagggtttaaatggttacactgtagaggaggcaaagacagtgcttaaaaagtgtaaaagtgccttttacattctaccatctattatctctaatgagaagcaagaaattcttggaactgtttcttggaatttgcgagaaatgcttgcacatgcagaagaaacacgcaaattaatgcctgtctgtgtggaaactaaagccatagtttcaactatacagcgtaaatataagggtattaaaatacaagagggtgtggttgattatggtgctagattttacttttacaccagtaaaacaactgtagcgtcacttatcaacacacttaacgatctaaatgaaactcttgttacaatgccacttggctatgtaacacatggcttaaatttggaagaagctgctcggtatatgagatctctcaaagtgccagctacagtttctgtttcttcacctgatgctgttacagcgtataatggttatcttacttcttcttctaaaacacctgaagaacattttattgaaaccatctcacttgctggttcctataaagattggtcctattctggacaatctacacaactaggtatagaatttcttaagagaggtgataaaagtgtatattacactagtaatcctaccacattccacctagatggtgaagttatcacctttgacaatcttaagacacttctttctttgagagaagtgaggactattaaggtgtttacaacagtagacaacattaac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diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-400bp/run/run_configuration.json b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-400bp/run/run_configuration.json new file mode 100644 index 0000000..1bfeec0 --- /dev/null +++ b/rampart/SARS-CoV-2/SARS-CoV-2-400bp/run/run_configuration.json @@ -0,0 +1,10 @@ +{ + "title": "SARS-CoV-2 Sequencing Run 400bp", + "simulateRealTime": true, + "clearAnnotated": true, + "displayOptions": { + "coverageThresholds": { + ">200x": 200, ">100x": 100, ">20x": 20, "0x": 0 + } + } +} diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/data/fastq/pass/.gitkeep b/rampart/SARS-CoV-2/data/fastq/pass/.gitkeep deleted file mode 100644 index e69de29..0000000 diff --git a/rampart/SARS-CoV-2/protocol/primer-schemes/SARS-CoV-2-2000bp/primers.json b/rampart/SARS-CoV-2/protocol/primer-schemes/SARS-CoV-2-2000bp/primers.json deleted file mode 100644 index 5c90d96..0000000 --- a/rampart/SARS-CoV-2/protocol/primer-schemes/SARS-CoV-2-2000bp/primers.json +++ /dev/null @@ -1,22 +0,0 @@ -{ - "name": "SARS-CoV-2 primer scheme 2000bp", - "amplicons": [ - [30, 2079], - [3580, 5548], - [7092, 9123], - [10676, 12679], - [14176, 15978], - [17571, 19485], - [21075, 22996], - [24649, 26542], - [27914, 29790], - [1925, 3737], - [5394, 7255], - [8976, 10837], - [12519, 14328], - [15827, 17754], - [19310, 21241], - [22850, 24812], - [26386, 28351] - ] -} diff --git a/scripts/monitor-start.sh b/scripts/monitor-start.sh new file mode 100755 index 0000000..a3dd0ae --- /dev/null +++ b/scripts/monitor-start.sh @@ -0,0 +1,221 @@ +#/bin/bash + +function monitor_input_directory { + inotifywait -qme create,moved_to $input_dir --format "%f" | grep '.fast5$' --line-buffered | + while read filename; do + flock $job_queue -c "echo -n \"$input_dir/$filename \" >> $job_queue" + done +} + +function process_job_queue { + while true; do + if [ -s "$job_queue" ]; + then + flock $job_queue -c "cat $job_queue > $job_queue.tmp; > $job_queue" + filename=$(basename $(cat $job_queue.tmp | cut -d '.' -f1)) + deepnano2_caller.py --output $output_dir/$filename.fastq.tmp \ + --reads $(cat $job_queue.tmp) --threads $cpu_cores \ + --output-format $output_format --network-type $network_type \ + --beam-size $beam_size --beam-cut-threshold $beam_cut_threshold \ + 2> /dev/null + mv $output_dir/$filename.fastq.tmp $output_dir/$filename.fastq + else + sleep 10 + fi + done +} + +# Print help +if [ "$1" == "-h" ] || [ $# -ne 1 ]; +then +cat << EOF +Nanocrop v0.1 +Simple monitoring tool-chain. Triggers deepnano-blitz basecaller when new fast5 batch files are available. +Passes basecalled sequences to RAMPART visualizing tool. + +Usage: monitor-start.sh [-h] [CONFIG_FILE] + +CONFIG_FILE Path to nanocrop configuration file. + +If successful, tool-chain is initialized and running in the background. +In order to terminate monitoring tool-chain at any time execute monitoring-stop.sh. + +Report issues at . +EOF +exit +fi + +# Perform initial configuration +echo -e "Nanocrop v0.1\nSetting up environment...\n" +config_file=$1 +config_path=$(dirname $config_file) + +if [ -f "$config_file" ]; +then + source $config_file +else + echo -e "ERROR: Configuration file does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 +fi + +if [ ! -d "$seq_dir" ] && [ -z "$input_dir" ]; +then + echo -e "ERROR: Directory containing sequencing runs \"$seq_dir\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 +fi + +if [ ! -d "$input_dir" ] && [ ! -z "$input_dir" ]; +then + echo -e "ERROR: Basecaller input directory \"$input_dir\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 +fi + +if ([ ! -d "$config_path/$protocol_dir" ] || [ -z "$protocol_dir" ]) && [ -z "$protocol_conf_dir" ]; +then + echo -e "ERROR: Directory containing RAMPART protocols \"$config_path/$protocol_dir\" does NOT exist or is NOT set!\nExiting..." + exit 1 +fi + +if [ ! -d "$config_path/$protocol_conf_dir" ]; +then + echo -e "ERROR: RAMPART protocol \"$config_path/$protocol_conf_dir\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 +fi + +if [ ! -d "$output_dir" ]; +then + echo -e "ERROR: Basecaller output directory \"$output_dir\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 +fi + +if [ ! -d "$config_path/$annotations_dir" ]; +then + echo -e "ERROR: Annotations directory \"$annotations_dir\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 +fi + +echo -e "CPU cores used for basecalling: $cpu_cores\n" + +if [ -z "$protocol_conf_dir" ]; +then + protocol_choices=$(ls -t1 $config_path/$protocol_dir | head -n 4 | cat -n) + echo "Select a RAMPART protocol (showing 4 latest entries):" + echo "$protocol_choices" + echo -n "Select a number or type the protocol name [1, 2, 3, 4]: " + + read protocol + while [ "$protocol" = "" ]; do + echo -n "Select a number or type the protocol name [1, 2, 3, 4]: " + read protocol + done + + if [ $protocol -le 4 ] 2> /dev/null; + then + protocol_conf_dir=$(realpath -e $config_path/$protocol_dir/$(echo "$protocol_choices" | head -n $protocol | tail -n 1 | cut -f2)) + else + if [ ! -d "$config_path/$protocol_dir/$protocol" ]; + then + echo -e "RAMPART protocol directory \"$config_path/$protocol_dir/$protocol\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 + fi + + protocol_conf_dir=$(realpath -e $config_path/$protocol_dir/$protocol) + fi + + echo -e "Setting RAMPART protocol $protocol_conf_dir\n" +fi + +if [ -z "$annotations_dir" ]; +then + annotations_dir=$config_path/../annotations/ + echo -e "Setting RAMPART annotations directory $annotations_dir\n" +fi + +if [ -z "$input_dir" ]; +then + run_choices=$(ls -t1 $seq_dir | head -n 4 | cat -n) + echo "Select a sequencing run to monitor (showing 4 latest entries):" + echo "$run_choices" + echo -n "Select a number or type the sequencing run name [1, 2, 3, 4]: " + + read seq_run_dir + while [ "$seq_run_dir" = "" ]; do + echo -n "Select a number or type the sequencing run name [1, 2, 3, 4]: " + read seq_run_dir + done + + if [ $seq_run_dir -le 4 ] 2> /dev/null; + then + seq_run_dir=$(echo "$run_choices" | head -n $seq_run_dir | tail -n 1 | cut -f2) + else + if [ ! -d "$seq_dir/$seq_run_dir" ]; + then + echo -e "Sequencing run directory \"$seq_dir/$seq_run_dir\" does NOT exist!\nExiting..." + exit 1 + fi + fi + + echo -e "\nLooking for fast5 files in $(realpath -e $seq_dir/$seq_run_dir)" + filename=$(find $seq_dir/$seq_run_dir -name "*.fast5" | head -n 1) + if [ ! -z "$filename" ]; + then + input_dir=$(dirname $filename) + else + echo -e "Could NOT find any fast5 files.\nWaiting for fast5 files to be generated..." + input_dir=$(inotifywait -qre create,moved_to $seq_dir/$seq_run_dir --exclude "[^.][^f][^a][^s][^t][^5]$" | cut -d' ' -f1) + fi + + echo -e "Setting $input_dir as input directory for fast5 files.\n" +fi + +# Initialize job queue and monitoring tool-chain +echo -e "Initializing..." + +pid_list="/tmp/nanocrop_pid_list.txt" +job_queue="/tmp/nanocrop_job_queue.txt" + +touch $pid_list $job_queue + +exec 200> $job_queue +flock -x 200 + +echo "Starting input directory watchdog..." +monitor_input_directory & +echo "watchdog_pid=$!" > $pid_list +echo "watched_dir=$input_dir" >> $pid_list + +if [ ! -z "$(ls -A "$input_dir")" ]; +then + for filename in "$input_dir/"*.fast5; do + echo -n "$filename " >> $job_queue + done +fi + +flock -u 200 +exec 200>&- + +echo "Activating basecaller..." +process_job_queue & +echo "job_processor_pid=$!" >> $pid_list + +echo -e "Starting RAMPART...\n" +location=$(pwd) +cd $protocol_conf_dir/run +rampart --protocol ../protocol --basecalledPath $output_dir --annotatedPath $location/$annotations_dir > /dev/null & +rampart_pid=$! + +sleep 1 +if [ -z "$(ps -p $rampart_pid -o pid=)" ]; +then + echo -e "RAMPART terminated with error.\nTerminating tool-chain..." + echo "rampart_pid=" >> $pid_list + $(dirname $location/$0)/monitor-stop.sh + exit 1 +else + echo "rampart_pid=$!" >> $pid_list +fi + +echo "Monitoring tool-chain is initialized SUCCESSFULLY!" +echo "Connect to RAMPART on 'http://localhost:3000'." +echo -e "Use 'monitor-stop.sh' to terminate monitoring when experiment is over. Bye!\n" +exit 0 diff --git a/scripts/monitor-stop.sh b/scripts/monitor-stop.sh new file mode 100755 index 0000000..d1c1891 --- /dev/null +++ b/scripts/monitor-stop.sh @@ -0,0 +1,35 @@ +#/bin/bash + +echo "Terminating monitoring tool-chain..." + +pid_file="/tmp/nanocrop_pid_list.txt" +job_file="/tmp/nanocrop_job_queue.txt" +job_file_tmp="/tmp/nanocrop_job_queue.txt.tmp" + +if [ -f "$pid_file" ]; +then + source $pid_file +else + echo -e "No active tool-chain found!\nExiting..." + exit 1 +fi + +kill -9 $watchdog_pid +kill -9 $(ps -f | grep "inotifywait -qme create,moved_to $watched_dir --format %f" | head -n 1 | tr -s " " | cut -d' ' -f2) +kill -9 $job_processor_pid + +if [ ! -z "$rampart_pid" ]; +then + kill -9 $rampart_pid +fi + +rm $pid_file +rm $job_file + +if [ -f "$job_file_tmp" ]; +then + rm $job_file_tmp +fi + +echo "DONE! Bye!" +exit 0