gromacs-mpi.sub

#!/bin/bash 
# Script per enviar càlculs de Gromacs
# amb 16 processadors amb openmpi 
# Recomenat enviar-ho a 2 nodes de 8 cores
#                - Jordi Blasco 12/08/09 -
##########################################
# Opcions i parametres de l'SGE
########################################## 
# (1) Nom del treball (per identificar) 
#$ -N GROMACS-OpenMPI-16
# (2) Recursos sol.licitats 
#$ -pe ompi 16
# (3) Fitxers de sortida 
#$ -cwd 
#$ -o gromacs01.out 
#$ -e gromacs01.err 
# (4) Envia un mail quan acava el treball.
#$ -m e 
#$ -M jblasco@fbg.ub.es 
##########################################
# Entorn d.usuari 
########################################## 
# Es carreguen els moduls a utilitzar 
. /etc/profile
module load gromacs/4.0.5_ompi_fftw-3.2.1
########################################## 
# transferencia de dades 
########################################## 
# Es copien les dades al directori on es llenc,aran els calculs. 
cd $TMPDIR
cp -pr /$WORK/jblasco/d.dppc/* .
########################################## 
# calcul 
########################################## 
# Es crea un directori de sortida pels resultats.
export OMP_NUM_THREADS=1
grompp -v &> grompp.out
mpirun -np $NSLOTS mdrun_mpi -v &> mdrun.out
########################################## 
# Transferencia dels resultats
########################################## 
cp -pr  mdrun.out /$WORK/jblasco/d.dppc/